梅克鲁的教学引入“兵站”和“行李”的概念。“兵站”是军队后勤补给系统，是负责向前线作战部队投送物资的组织体系。“行李”是为前线输送战斗、宿营必要资材的部队，有“大行李”“小行李”区分。大行李是对宿营地所需物品和运输人员的通称，小行李是战斗中必须携带的物品和运输人员的通称。各师团均配备一个“兵站纵列”，担任后方仓库和师团间粮秣输送任务。其中配备三个“辎重监视队”，由将校以下50名骑兵编成，负责辎重纵列的统括、管理、护卫。兵站的职能是负责物资的调度、管理、运送、配送，以及协调搬运工具与押运部队的合理运作。基于梅克鲁的理论，日军在兵站和作战单元之间的比例关系上，进行了多次重要调整。1886年，一个步兵大队（相当清军营建制）的行李编制是：“小行李”卫生驮马3匹、弹药驮马16匹。“大行李”将校物品驮马7匹、炊具驮马8匹、粮秣驮马12匹。1891年，陆军实施《野外要务令适用规则》，步兵大队大行李编制改成，物品驮马9匹、炊具驮马8匹、粮秣驮马13匹。

陆军兵站体系中担任向作战部队投送粮秣的部门，称作“陆军粮秣本厂”。粮秣本厂由“兵站基地”、“积集基地”、“积集主地”、“兵站主地”、“兵站地”、“海运地”等机构负责向战地输送军需，形成一个特有的物流系统。“兵站基地”是出征师团在本土辖区的机关，为本师团出征部队组织、收集、管理必要的军需物资，同时担任从前线回归的兵马物品管理。“积集基地”是在内地主要口岸设置的送往战地的军需品集散地，接收前方回归人员、物品，并向各地疏散的机构，相当于“兵站基地”和“积集主地”之间的配送中心。“积集主地”是在战地设置的人员输送、物资积集的机构。“兵站主地”设置在作战地域内，是为司令部、补给厂、卫生机构提供临时驻地的场所。“兵站地”是兵站司令部、出张所（派出所）的人马宿营、给养、诊疗、警备、交通、通信保障的营地。“海运地”是负责连接战地和内地之间，可影响全局作战的重要机构，下设“海运基地”、“海运主地”、“海运补助地”，归大本营直辖，由陆军运输部统一管理。

日清战争，日军海外后勤补给线的开设，第一次尝试了兵站运用近代船舶、铁道、通讯网络、设备器材的统合指挥系统。兵站除了部队物资补给、辎重调运外，还承担部队的营地建设、战斗人员的维持增补，伤病员和各种物类的收容、诊疗、运送、宿营、交通、战场清理、遗弃军需品收集、战地诸资材调查、战地民生等繁杂事项。

铁路运输

日清战争开战前，日本国内铁道线全长3,200公里，铁道网延伸到全国各主要城市。拥有火车头417辆，客车1,550辆、货车5,583辆。本岛的日本铁道、东海铁道、山阳铁道线贯通东北青森至广岛的大半个日本，国铁、私铁的支线与各道县连接。日清宣战后，国铁东海道线、横须贺线、北陆线；私铁日本铁道、九州铁道、北海道炭矿铁道、总武铁道都投入了军队的运输业务。只有新发田和金泽的铁道尚未竣工，出征兵联队只能徒步行军至最近的敦贺车站乘车。

1894年7月下旬，大本营制定了战时铁道运行时刻表，命令铁道局昼夜通行军用列车，从最初的3列增加到10列。7月23日，运输通信长官根据各师团的出征计划，向铁道局和私铁道会社发出“运兵注意书”。7月30日，政府作战方针决定，各地铁道全线开动，输送各地驻屯部队和军需物资，前往广岛诸沿岸的港口集结。战时出征兵员的调运，每日军列满10列负荷。停战凯旋归国时，因船舶时刻变动及检疫延迟等原因所致，以每日军列6列向各地疏散。1894年6月—1896年3月，铁路共发送出征人员24万人，马3.6万匹；送还回归人员15.1万人，马2.1万匹。战时繁忙的铁路运输，军需输送几乎没有间断过，即使天气不佳或出现机械故障，都能按时完成原定的运送计划，保障了战时兵员和军需品的调达。战争末期，日本国内铁路运输发生过一起重大事故，1895年7月25日夜，丝崎和尾道间的铁道因海浪冲垮路基，造成一列运送伤病员的军列脱轨，坠入海中。全车323名伤患者和26名医护者，当场死亡8人，重轻伤93人；列车机组人员当场死亡3人，负伤1人。