清军在这种情形下作战，粮食短缺成为最严重的问题。征粮官在饿莩遍野的州县催征、筹集兵粮，加重了当地百姓的负担，加剧了官民矛盾。在自然灾害沉重打击下的民众无力支援战争，甚至出现部分清军匀出有限的军资军粮，拯救垂死挣扎中的百姓的事情。清日开战后，时任湖南巡抚的吴大澂斗志昂扬，主动请缨参战，被任命为帮办东征军务。而当他在灾区筹赈军粮时，所见所闻惨不忍睹。于是，他向朝廷上奏，向李鸿章、王文韶、盛宣怀以及广东、浙江、湖北等地督抚发电报请求支援，强调奉天各地“水灾甚重”、“饥民遍野”、“道馑相望”、“幸存百姓甚或有十余日不得食者”、“灾民之悲惨，目击伤心，不忍漠视。如若不迅速抚辑饥黎收拾人心，战争将很难进行”。 面对尸横遍野的饥民，吴大澂完全丧失了战争必胜的信心。

清军粮食供给问题在战争初期的朝鲜战场就已经露出破绽，驻防部队上奏折报告：“朝鲜地瘠民贫，大军云集之时，一切米粮及日用所需无从购觅，皆需由奉天省城及凤凰城转运而往，饷馈艰难，繁费尤属不赀。”赴朝作战清军的一切军需均由满洲境内负责供给，增加了奉天衙门的负担。严重的自然灾害，使集市上粮少价高，军粮采购十分困难。盛京将军裕禄抱怨：“现在奉天大军云集，需粮甚多，虽经各军设法购运，而去岁本省秋收甚歉，存粮无多，办运过远，脚费又复太昂，军食攸关，亟须预为筹备。”将军依克唐阿亦奏：“粮米价昂，运脚耗费，若在各兵口分内扣留银两，预为办运粮食，窃恐大敌当前，军心解体，难期得力。”清军战时供给状况，如翰林院蒯光典所云：“兵事一兴，偶有灾歉，采办艰难，归之于公，则此项无著；扣之于兵勇，有不哗溃者哉。”

自然灾害直接影响到后方对前线作战部队的支援。清军在仓促出兵上阵的背景下，粮秣辎重大部分随军而行，木轮马车在朝鲜及满洲官马土石道上行进困难重重，降低了部队的推进速度和机动性。然而，清军在后勤保障严重不足的被动状况下，没有全力保护有限的粮秣辎重，在数次重要战斗中都轻易丢弃大量粮秣辎重，不战而逃。溃退清军的粮食状况陷入严重困难境地，造成部队士气低下、战斗力丧失，强抢朝鲜百姓食粮家财的事件频发。

日本国立公文书馆保存的日清作战记录记载，朝鲜的“成欢”、“平壤”及清国鸭绿江的“九连城”战斗，清军都丢弃了大量军粮和炮械。仅平壤一战，清军丢弃的军粮，粮米2,900石、杂谷2,500石，其量是15,000清兵一个月的口粮。当时赴朝作战的山县第一军，因海军尚未取得制海权，海路军需物资运输尚没有开通，前线部队也出现军需补给的困难局面。清军丢弃的大量军粮，及时缓解了日军食粮短缺的困境，确保了第一、二两方面军同时向清国侵入的计划。失去食粮的清军，在朝鲜境内展开了疯狂的掠夺，沿途的民众成为抢掠的牺牲品。日清战争结束后，日军参谋本部统计，战争中共缴获清军粮秣，精米7,000石、玄米2,000石、杂谷6,000石。这些战利品被分配给战地部队、充作马粮、供给俘虏及雇用的民工，也用于救助当地百姓的粮荒。

清国军事后勤体制的诸多缺陷是导致其在清日战争中全面失败的致命要素。和平时期，后勤部门成为许多官人梦寐的肥缺，他们是执掌部队生存的衙门，高高在上。可是一旦大规模战事爆发，就用天不时，地不利，人不和的客观因素搪塞前方将士的流血牺牲。此等军事后勤体制，显然不能战胜拥有近代兵站理念的日本军队。

日军兵站体系

兵站概念成立

明治十八年（1885），日本陆军聘请德国军事顾问梅克鲁少佐担任陆军大学教官，当时的陆军大学是培养陆军各级参谋的最高军事院校。梅克鲁的教学，推动了日本陆军的改革——由过去的法式师团建制向德式建制转变。梅克鲁讲述近代兵站基础学，强调日本内地多山、耕种水田、道路桥梁脆弱，不适合像欧洲军队那样运搬野炮的方式。建议日本陆军以山炮为主，组建驮马队输送辎重及行李。梅克鲁教学的成果，改变了日本陆军近代辎重作战的方式，为后来日军在战争中的军事优势奠定了基础。