《明实录》里记载，在朱见深在位的二十三年里，每当朱见深听说闹灾的消息后，就会叹息不已。如果有关部门赈灾速度迟缓，他就会更加叹息不止。后人诟病他设置“皇庄”，并在内宫里开设“小金库”--内帑，而他“内帑”中的存银，相当多都用来赈济灾民。他的执政时代，二十三年共减免灾区税粮一千九百多万石，平均每年近百万，这还仅仅是“官田”的减免数字，就已是明朝历代最高。即使是批评他最多的明史典籍《罪惟录》中，也称他在位期间，老百姓的生活“幸斯小康”。

朱见深另一个得到称赞比较多的，是他的“仁君气度”，也就是和气。被诟病不纳忠言的他，却是明朝万历之前，少有的没有处死过言官的皇帝。即使是受他处罚，尤其是被“杖责”的官员，遭杖责的数目，也多在三十下以内，甚少有前面几代皇帝动辄五六十大板的酷刑。《明史》上认为，明王朝言官力量走向强大，正是从朱见深在位时期开始。

仁君气度的朱见深，有时候也有“暴力”的时候，有时候把他惹急了，他甚至会亲自动手打人。而且打人的工具，往往是“非常规武器”。比如宦官怀恩一次曾劝阻朱见深，请他赦免因抨击朱见深崇佛而下狱的御史林俊，朱见深当场怒从心头起，随手抄起一块砚台朝怀恩砸去，若不是怀恩躲得快，肯定砸得满脸花。无意之中，他创造了一个“记录”。明朝正史记录，两个在战场之外曾亲手打人的皇帝之一（另一位是朱元璋），他也是一个亲手打人，却不用常规凶器的（朱元璋用鞭子）。

大臣们向朱见深当面提意见的时候，他虽然能控制住脾气，却常常“非暴力不合作”，任对方说得如何天花乱坠，自己却打死不搭腔。按照俗话说，就是个“闷葫芦”，搞得大臣们直憋气。御史陈音看不下去了，为朱见深上“奇文”一篇，文中指责说，“皇上您虽然经常听我们说话，但是却从不向我们提问，而勤学好问，才是学习的优良传统。希望皇上您能够每天抽出时间来，找几位饱学之士，向他们提问题，这样咱大明江山就能稳固了”。奇文送上去，朱见深依然“闷葫芦”，看完后也没回音。

朱见深遭后人诟病较多的另一个污点，就是他在位时厂卫横行，宦官专权。他信用宦官的原因，则来自于他所开创的大明皇帝新工作方式--不上朝。他登基不到五年，就开始消极怠工，整天缩在深宫里。平时的生活，除了整天炼丹修道、追求长生不老外，基本就没正事了。很少去参加早朝，更不用说接见大臣了。在他身后，明朝的皇帝们，开始不断有人沿着他的足迹，打破他的这项记录。

成化二十三年（1487）春万贵妃去世，朱见深感到半边天都塌了，此后他日日在宫中悲痛不已，很快就起不来了。是年八月，四十一岁的朱见深与世长辞。太子朱祐樘即位，即历史上的明孝宗。

明孝宗朱祐樘，既是明朝历史上的苦命皇帝，也是个幸运皇帝，他苦命在于，他的母亲纪氏，只是皇宫内一个普通宫女，偶尔得到朱见深的宠幸生下了他，却一直迫于万贵妃的淫威不能相认。一直到他七岁那年，朱见深才知道有他这么个儿子，可父子团聚的代价，就是母亲被万贵妃害死。他童年的家庭，始终是残缺的。然而他又是非常幸运的，至少，他躲过了两次极危险的暗算，第一次是他出生时，母亲生他前，已经被万贵妃派人强迫喝下打胎药，却还是奇迹般把他生了下来，只因中过毒，所以头发缺了一块。他和朱见深父子相认，并被立为太子后，万贵妃仍然没停止对他的陷害。朱见深晚年，曾动过废黜他太子位的念头，连一向是他亲信的宦官怀恩，都被赶到凤阳守陵。就在最绝望的时候，突然泰山地震，钦天监（天文台）给出的理由是：因为皇帝要废太子，所以老天爷发火了。怕老天爷发火的朱见深，也就只能作罢。