对于山东，袁世凯早有关注。5月底，他曾奉荣禄的命令前往德州一带演习行军阵法。在德州驻扎期间，他多次给荣禄去信，对山东巡抚毓贤的做法表示不满。在致徐世昌的信中，他说：“今日之时局，诚所走一步说一步也，断难向好处设想。”看见山东巡抚毓贤的公文，居然是饬各营禁习洋操，专练刀矛棍棒，可把袁世凯气死了，说：“可惜以国家难措之饷，供此班糊涂人任意掷费，不甚愤懑。东抚（山东巡抚）甚无用，偏而且乱，又甚恶洋操。”另一封致徐世昌的信中，袁世凯对自己所练新兵的骄傲之情溢于言表。说德州地方官均甚帮忙，“且甚佩服本军纪律，居民无不歌颂，一路至今，民兵交涉竟无一件事”，“平日训练之效，于今见之”，“士卒之气大可一战，惜不能耳”。当然他所说的战争对象乃是在山东的德人。信末，再次指出东省巡抚毓贤，“事皆不办，惟翻汉仙（毓贤前任张汝梅）所为，残暴非常，终日打骂，虽县役毛贼亦辄提来鞭责，大吏固如是耶”。看来，大清的省长就是这么种东西了。也许正因为如此，袁世凯才在信中曰“总之大局无复望矣”。

虽然无望，但事总是要做的。7月，他上《强敌构衅侵权亟宜防范折》。在这个折子中，他可没有例行公事老生常谈，而是结结实实地指出了问题的严重性：

德人窥伺山东，蓄志已久，分布教士，散处各邑，名为传教，实勘形势，而构衅之由，亦即阴伏于此。今又与英人分界造路，德之工匠员司将纷至踏来。该省民性刚强，仇视龃龉，德人即由胶澳借口遣兵，侵权自治。长此以往，不但骚动民心，尤损我国体。如按各国交际通例办理，德兵入我内地，戕我居民，即为衅自彼开，立应兴兵击逐。惟现值时艰方殷，朝廷郑重邦交，顾全大局，自不得不曲予优容。然敌情无厌，后患伊于胡底。东省居南北要冲，海程陆路悉出于此，倘滋他族逼处，我之漕运饷源势必梗阻，利害所关殊非浅鲜。现筹防范之策，似莫若先自经理，不资以可借之口，不予以可乘之隙，当可渐就相安，借保我自有之权。

具体怎么办呢？臣有四策：

一曰，慎选守令。东省民教积不相能，推原其故，固由教民之强横，亦由地方官未能持平办理。近闻东省官吏，非视洋人如仇，即畏之如虎。其仇者固足倡民生事，而畏者尤足府怨激变。查良民、教民本届一体，既为长官，即有约束惩治之权，判案但循律例，原不必分良教为两歧。倘有教士、洋人干预词讼，自可据理驳斥，其教士之甚不安分者，亦可查照条约，列其实迹证据，详请上司照会该管领事官，查明驱逐。如该领事查办未能公允，亦可转详大吏咨请总理衙门办理，果属理直情实，该国使员亦何得任意偏袒。纵使终难妥结，而教士迭被查讯，拖累良苦，亦必备知敛迹。乃畏事官吏，顾惜禄位，不耐烦琐，遇有教案，但欲责惩良民，敷衍了事，冀可偷保目前之安。而教民之气焰益张，良民之激怒愈甚，一旦变生仓猝，势同决川。民间多一教案，公家即多一亏损，是良民之欲报复乎教民者，反足以贻累于公家，而挑衅于强敌。星星之火，终至燎原，未始不由于办理不善有以酿成之。拟请饬山东抚臣，查各州县教民之多寡，情形之难易，酌量轻重，不拘常格，慎送牧令，须求谙练约章明达时务者，分别补署，以期遇案持平，不激不随。久之民教自可相安矣。