改革毕竟是一项极其复杂的社会系统工程。清末新政由一批曾仇视改革或与改革为敌的人物完成了一场带有革命内容的改革。在这种意味深长的矛盾背后是历史造成的两个原因：其一，庚子之变以后的局势是一种真正的统治阶级再也无法照旧统治下去的时局。1901年2月颁布的上谕中说：“无事且难支持，今又构此奇变。”正是对这一点的承认，新政在主观上是为了防止革命掀揭屋顶而挖开的一个窗洞，但在客观上却成为时势假手不愿改革者而实现的一场改革。历史常常会使动机与效果大相异趣，对于一个没落的阶级尤其如此。其二，有人说过：戊戌政变杀青年人、南方人多；八国联军杀老年人、北方人多。透过这种南北方和青老年的对立，是改革人物与顽固保守人物的对立。侵略者用暴力消灭了后一类人物中的一部分，同时又以此震慑了其他一部分人。这并不是一件值得称颂的事，但它导致的结果却是为中国的改革消除了一些阻力。许多历史的是非是隐藏在深处的，只有透过某些历史细节的表象，才能把握历史迈进的步伐和节奏。

清末新政是以自下而上的推动和自上而下的改革双向互动的形式出现的。清政府原想借此实现王朝的自我挽救，但新政非但没有延长它的寿命，从某种意义上说还加速了它的灭亡。他推行教育改革，是想造就“尊崇孔教，爱戴大清国”的人，但无论是在国内新式学堂中还是在留学生中，清政府并没有获得多少为己所用的人才，反而出现了一个不同于传统士子的知识分子群体，成为王朝的掘墓人。清政府在全国各省扩编新军，原本是要以此来弹压各种可能出现的变乱，却又给革命党人在各省以发展革命势力的机会，新军绝大多数成了王朝的“叛兵”。清政府奖励实业，原想借此摆脱严重的财政危机，却导致了“资产阶级利益、知识分子利益与专制制度冲突越来越大”。所有这一切，都走向了清政府预想的反面。何以会如此？历来论者大都从其推行新政的动机来说明它的欺骗性和反动性，这并没有错，但问题并没有这么简单。清政府推行新政固然有取悦列强、拉拢立宪派、打击民主革命的一面，更有统治阶级变法自强的一面；它有欺骗、拂逆舆情的一面，更有符合历史逻辑的具体内容。历史的效果往往不以人们的动机为转移。清末官制改革，在客观上推动了国家体制的近代化；教育改革，奠定了中国近代化教育的基础；军制改革，推进了中国军事的近代化；法律改革，开了中国法制近代化的先河；奖励实业，则直接促成了创办实业的高潮。因噎废食，防弊废事，并不是一种科学的态度。人们习惯于用御史欧家廉的几句话“易私塾门榜即为学堂，改亲兵衣饰即为巡警，建一二洋式衙署，用一二留学生，即是崇奉西法”，来说明新政的有名无实。这段话固然反映了当时的一些实况，但远不是新政的全部。清政府“清理财政而漏卮愈大，编练斯军而哗变愈众，改轻刑律而断狱愈多。事事有尽更其故之思，人人有不如其初之慨”。