据说拖雷在甘愿代死的同时，也希望哥哥能照顾他的孤儿寡妇。这一点窝阔台的确有去做，不过他的安排是让自己的长子贵由按照蒙古的旧俗迎娶拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼，从而“继承”拖雷系的全部领土和麾下的百姓、牛羊。窝阔台显然太小看自己的弟妹了，对窝阔台的这一安排，唆鲁禾帖尼以要“教养拖雷诸子成人”为理由婉拒了。对窝阔台不经宗室会议商讨，便私自将拖雷名下的财产分给自己的三子阔端的行为也采取了忍让。拖雷夫妻的遭遇在蒙古帝国内不乏同情者，以失吉忽秃忽为首的铁木真时代的老臣曾向唆鲁禾帖尼提议，应该召开诸王会议，当面质问窝阔台，但是唆鲁禾帖尼却反过来说服他们应该遵从大汗的旨意。唆鲁禾帖尼顺从的态度最终赢得了窝阔台的信任，根据《史集》中的说法：“合罕（窝阔台）一切事情都同她商量，不违背她所作出的决定，而且不允许对她的命令作任何更改。”似乎有将唆鲁禾帖尼视为自己“贤内助”的意思，而获得拖雷大量领民的阔端也把这份恩情算到了自己婶婶的头上，在未来新一轮的权力角逐之中抛弃了自己的侄子失烈门，站在了堂弟蒙哥一边。

将唆鲁禾帖尼吸纳进自己的智囊团之后，窝阔台还对拖雷的长子蒙哥十分宠爱，甚至一度有将汗位传给对方的意思。据说他曾爱抚地摸着蒙哥的头说：“你是将来可以君临天下的人啊！”不过这可能只是一句玩笑，早在自己继承汗位之初，窝阔台已经让蒙古帝国的诸王立下了“只要是从窝阔台合罕子孙中出来的，哪怕是一块臭肉，我们仍要接受他为汗”的誓言。

在铁木真时代，次子察合台便与长子术赤势同水火。窝阔台虽然表面上严守中立，但是私下却与察合台组成了攻守同盟。而在著名的“长子西征”之中，窝阔台的长子贵由，更因为指挥权的问题与术赤的长子拔都摩擦不断，两人甚至因为庆功宴上谁先喝酒的问题引发了冲突。当时的术赤系已经在中亚及乌拉尔山地区建立了稳固的根据地，拔都在“长子西征”中又战功赫赫，窝阔台不愿落下偏袒自己儿子的口实，一度要把贵由贬为普通军官流放边远之地。幸好他的幕僚及时解围，提出：“成吉思汗有训，内事只家中断，外事只野外断。此外事，请付拔都治之。”把皮球踢回给了拔都。拔都在整个帝国中毕竟还是小字辈，于是也只好与贵由继续保持貌合神离的现状。