此一战打得荷兰六年没敢大规模进犯。1639年荷兰再次派遣9艘战舰进攻中国，郑芝龙率部迎战，派人游水，将盛满火药的竹筒燃放投到荷兰战舰上，焚毁了5艘战舰。自1622年中荷澳门之战后，近20年间冲突不断，荷兰最终战败。其后，荷兰乘中国东北边关吃紧、农民起义朝廷无力东顾之机，偷偷地窃取了台湾。

在与荷兰二十多年的战争中，最大的受益者就是郑芝龙。郑芝龙最终掌握了东亚的制海权，任何国家的船只在此通过必须购买郑芝龙的令旗，否则就会遭到海盗洗劫。而荷兰占领的台湾最终也被郑芝龙的儿子、民族英雄郑成功收复。

郑芝龙集团身兼商人、海盗、官军三种身份。郑芝龙出生于福建南安县石井乡，字日甲，号飞虹，小名一官。福建土地稀少，不适于农耕，因此，自古就是经商特别是海上贸意的重要地区。东南沿海数百年的海盗现象，也使得许多人视海盗为一种职业。

郑家兄弟五人郑芝龙排行老大，年纪稍长后他便带着弟弟郑芝虎、郑芝豹前往舅舅黄程家。黄程在澳门经商，从事海外贸易，郑芝龙做黄程的帮手。

因为澳门葡萄牙人很多，为了交往方便，郑芝龙成了天主教徒，一般外国人称其为尼古拉?一官。在做了几年黄程的帮手和荷兰人的葡萄牙文翻译之后，在18岁那年郑芝龙前往日本发展。在那认识了华人领袖李旦和颜思齐，并与日本政要有了很深的关系。

颜思齐孔武有力，早年因为打死人逃亡日本，其后从裁缝起家逐步富裕并开始进行中日间的走私活动。郑芝龙、杨天生、陈衷纪、陈德等27日尊奉颜思齐为首领，他们有13艘船用于走私经商。后来陈德、陈衷纪建议：先攻占台湾，然后侵略四方，之后占领日本，徐图中国。

1625年颜思齐亡故，郑芝龙成为首领。随后，郑芝龙率领十艘船进攻金门、厦门，其后四处侵扰。后来希望归顺朝廷，但俞大猷之子、总督俞咨皋不予首肯，亲领大军与郑芝龙交战，最终，惨败后被朝廷问罪。

郑芝龙之所以如此强悍，主要是他与倭寇、欧洲海盗以及中国其他海盗不同之处在于，他属于“起义”性质，他专门打出了“劫富济贫”这种农民起义式的口号，经常接济贫苦百姓，因此，颇得民心。在许多穷人眼中，他是靠山。