崇祯元年（1628年），崇祯采取剿抚并重的方式处置东南沿海的海盗集团。郑芝龙接受了朝廷任命成为游击将军，其后成为副将。借助官家地位，郑芝龙迅速将其他海盗势力聚集在自己的身边。

早在没有接受招安前，郑芝龙就拥有数百艘船只和十万兵卒，被招安之后，势力越来越大成为了“海上盟主”。其后，郑芝龙帮助官军击败荷兰侵略军，剿灭李魁奇、杨禄、杨策、褚綵老、钟斌、刘香等海盗集团。在此期间，郑芝龙的两个兄弟郑芝虎、郑芝鹄相继战死。

郑芝龙的官职也升为总兵官、前军都督府带俸右都督。由此，他垄断了东南沿海的海外贸易。凡是与中国进行贸易、凡是在中国海军能够到达的地方，必须悬挂郑芝龙的令旗。每年仅令旗的许可费就达千万。郑芝龙在1628年有船千艘，虽在招安后被裁撤数万人，但仍有七万人，战斗力并未降低。

1633年7月7日，荷兰军队突袭南澳，把总范汝耀重伤、17名军士阵亡。7月12日突袭厦门，守将张永产在泉州购买军事装备，郑芝龙率部在福宁剿匪。结果，政府军5艘战舰、郑芝龙10艘战舰被毁。其后，荷兰军撤退。荷兰人又想进攻海登县，知县梁兆阳派人夜渡金门浯屿偷袭料罗湾获胜。从此，双方处于半停战状态。

1633年9月22日崇祯皇帝下达战争总动员令，最终明政府与海盗联军大败荷兰与刘香的联合舰队，取得料罗湾海战的胜利。自此，郑芝龙成了海上霸主。

顺治三年（1646年）郑芝龙投降清朝，十八年（1661年）郑芝龙被杀。

郑芝龙是明朝海盗势力的代表。郑芝龙所代表的海盗商人与内陆地区的商人一起促进了明代商业经济的发展，从而使明政府对商人的态度从轻商转变为重商，直至南明时期的倚商。

明代中期之前，士农工商的排序没有太大变化。但中后期由于陆路、水路交通发达，贸易有了很大发展，国内经济日渐发达，以晋商、徽商为代表的“十大商帮”初步形成，商人也由没有户籍的百姓，变成了可以参加科考、享受政治权利的商籍百姓。甚至到了万历年间，形成了自己的利益代言人。