不过，犹太人仍然存在于世界范围内，也说明了为何神圣罗马帝国皇帝—他在1236年宣布犹太人“是我们忠实的佣人和奴仆”以及各市政厅倾向于鼓励犹太人定居下来的原因。因为犹太人是税收以及贷款的来源（犹太人当时可以不受禁止发放高利贷等法律规定的约束），官方向他们提供“保护”以及有限的优势来换取现金。不过，保护和限制一直是并存的。1458年，在腓特烈三世的命令下，犹太人被集中到一个特定的“犹太人聚居区”（ghetto，该词来自于意大利语中的borghetto一词，意即郊区）：这是城市东北边缘地区的一条狭长的街道，街道两边都建有大门。对于生活在这里的110名犹太人来说，在所谓“犹太街”里的监牢般的生活意味着一个“新埃及”。另一方面，外界一直存在的暴力威胁也让犹太人聚居区带有一点避难圣地的色彩。不过，1504年的残忍谋杀指责以及5年后试图宣布“犹太人为异教徒”的阴谋警示人们，犹太街的地位极其微弱；到1537年时，犹太街的人口构成也发生了很大的变化，路德教徒占据了大多数人口，而他们对犹太人存在固有的敌意。犹太街在一个危险的世界中提供了某种形式的避难所；1542~1610年期间，它的人口数量增长为400~1 380之间（人口增长与荷兰的胡格诺教徒移居到法兰克福是相对应的）。这些新兴人口的流入所导致或与之相应的经济与社会紧张状态触发了公众反对犹太街的大规模暴力活动：“菲特米尔茨暴乱”，这场暴乱因其领导者文岑茨·菲特米尔茨而得名，菲特米尔茨当时是一个店主。不过这次暴乱并没有出现大规模屠杀犹太人的情形（犹太人被驱逐出城区），而且没过多久，帝国军队就平息了暴乱。菲特米尔茨和其他暴乱的领导人被处以绞刑，犹太人重返家园，他们是皇帝“庇护”的人，其地位得到了再次确认。

在实际生活中，与之前一样，“保护”意味着额外的铁腕管制，其管理细节由斯塔提格凯特议会设定，这部法规每年会在主要的犹太人教堂宣读。直到18世纪末期仍有法律效力，这期间，犹太人人口被严格限制在500个家庭；每年的婚礼数量只能有12个，结婚年龄固定为25岁。每年从外部进入犹太街定居的人不能超过两人。犹太人被禁止从事农场业或者交易武器、调味料、酒和谷物。他们被禁止在犹太街之外的地方生活，而且直到1726年，犹太人必须每时每刻都要佩戴区别身份的饰物（男人佩戴两个同心黄色戒指，女人佩戴有条纹的面纱）。犹太人每天晚上、星期天以及基督教节日期间，只能在自己的社区里活动；其他时间，他们被禁止两人以上结伴在城中行走。他们还不得进入公园、旅馆、咖啡店，同时也不得在城中风景秀丽的道路上散步，他们甚至不能接近城中古老的大教堂，进入官厅时也只能从后门进去。犹太人只能在规定的时间内，才能被获准进入城里的市场，而且不得碰市场里的蔬菜和水果。如果一个犹太人出现在法庭，他需要宣读一份特别的誓言，誓言提醒在场的所有人“上帝对遭受诅咒的犹太人所施加的惩罚和咒骂”。如果一个犹太人在街上听到“犹太人，本分点！”，他必须—即使发号施令的只是一个孩子—脱下自己的帽子，然后站到一边。如果他偶尔去法兰克福城外，也需要一个特别通行证。进城时，他需要支付是异教徒两倍的费用。为了回报这些所谓的“保护”，每个犹太人还需要缴纳费用税（或者是人头税）。