奥古斯都本人也是多神教的信仰者，所以他从未想过要废除埃及的宗教。但如果宗教影响国家安定的话，就必须纳入控制范围之内。奥古斯都没收了神庙的土地。由于托勒密王朝历代帝皇们的竞相供奉，神庙拥有庞大的土地。因为没收的土地数量过大，反而导致了土地私有化的奖励政策来不及跟上，在较长的一段时期内，雇农向国家借用土地成为了通常的形式。罗马的祭司是无薪的“光荣的公职人员”，他们的生活无须受到照顾。而埃及的祭司则属于独立的一个阶层，在没收了土地的情况下，必须给他们提供生活来源。奥古斯都规定，由埃及政府向祭司们发放俸饷，这样更有益于掌控。

除了土地之外，神庙的独立经营权也被取消，全部交由在亚历山大的大祭司管理，所有的祭司必须听命于大祭司。对罗马而言，控制一个人比管理多数人要来得容易。

各个神庙有一年一次向大祭司提交报告的义务，报告内容包括神庙的经济状况以及祭司的人数等详细事项。另外，神庙祭司的人数也受到了限制，如果超过了规定的人数，虽然不会遭受处罚，但不能享有免税的待遇。

由奥古斯都制定、罗马历代统治者持续实施的埃及政教分离的政策，并没有从根本上排除宗教，只是让它脱离于政治。事实上，埃及的宗教非但没有被排除，神庙的修复和建设都成为了罗马皇帝们的工作之一。“恺撒的归恺撒，上帝的归上帝”，即使没有耶稣基督的教诲，罗马人也谙晓其道并予以实践。