亚历山大港的居民们想利用王室内部的斗争巩固希腊系的势力，将罗马的势力从埃及赶出去，结果功败垂成。他们被这个结果震动了。在胜利者恺撒的面前，他们要放下武器自不必说，甚至还说出希望恺撒能成为埃及的王这样的话，只求能有一条生路。按照常例规定，失败者的命运不是被杀死就是被卖做奴隶。

但是，恺撒的想法在经过五个多月的战斗后也没有改变，那就是忠实地执行埃及先王的遗诏，埃及的王位由克娄巴特拉和另一位还活着的二王子共同治理。这样既符合了埃及的民情，此外也是对罗马而言最适合的政策。新的共同统治者克娄巴特拉七世和托勒密十四世与恺撒签订了新的同盟条约。

因为托勒密十四世还是个孩子，埃及的王实际上由年仅 22岁的克娄巴特拉担任。此后，克娄巴特拉自然是和她的父王一样，继续成为“罗马的友好同盟”。那些与恺撒兵戎相见的亚历山大港居民们既没有被处死，也没有被当做奴隶售卖，甚至也没有受到任何惩罚。毕竟他们都是“罗马的友好同盟”的臣民，而罗马人一向不喜欢干涉同盟国处理自己子民的内政。

杀害庞培的主谋们则全部被处死。罗马公民被杀的仇是不会就这么放任不报的。只剩下内乱的主谋——克娄巴特拉的妹妹阿尔西诺伊，恺撒认为她如果继续留在埃及的话，说不定又会成为内乱的源头。为了避免这种危险发生，他将她遣送到了罗马。

这样，恺撒终于做完了他在埃及应该要做的所有的事。此时也到了春季，船队不再碍于西北风而不能出行，恺撒可以从亚历山大港出发回到处于西北方位的罗马了。但是恺撒决定休息不走，原因有两个：一是让士兵们休息；另外一个，则是要探寻尼罗河的源头。根据英国皇家地理学会发行的正式公文，第一个关心探索尼罗河源头的人就是恺撒。但是据我们所知，发现尼罗河源头——也就是后来被命名为维多利亚湖的地方——的是 2000年以后的英国皇家地理学会会员。也就是说，恺撒所说的探寻水源，实际上应该是在尼罗河周边游玩。而这个旅伴，不用说也知道一定是克娄巴特拉。从幕僚所写的《亚历山大战记》中完全看不到恺撒这次坐船游玩的影子，这说明了无论是恺撒还是他的部下，都把这次出游当做是私人之行而加以保密。