崇祯十三年，罗汝才进犯四川，秦良玉率军迎敌。

汝才闻白杆军至，不战而逃。秦良玉指挥白杆军追击，至巫山重创罗汝才，夺其帅旗，生擒罗汝才的副手“塌天”。

崇祯十七年，张献忠、罗汝才联军再犯四川。

川抚邵捷春不用秦良玉之计，以致全川沦陷。白杆军也因寡不敌众退回石柱，但张献忠自始至终不敢派一兵一卒入石柱一步！

同年，李自成攻入北京，崇祯帝自尽。秦良玉闻讯服孝痛哭，几度晕厥。

张献忠派人送来官符引信，希望秦良玉归顺“大西”。

秦良玉接到官印，马上当众销毁，慷慨言道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此地步，怎能以残余之年以事逆贼！石柱一地有敢从贼者，族诛之！”

不久，噩耗传来，良玉独子马祥麟战死于襄阳。

死前，他给母亲写信：“儿誓与襄阳共存亡，愿大人勿以儿安危为念！”

秦良玉见此绝笔，心如刀割，提笔写道：“好！好！好！真吾儿！”

隆武二年，福建隆武帝赐封秦良玉太子太保，忠贞侯。秦良玉以七十三岁高龄，仍然准备亲统人马前往福建抗清。然而，因为郑芝龙的叛变，隆武帝被俘，未能成行。

永历二年，永历帝加封秦良玉太子太傅，授四川招讨使。