皖南事变爆发后，中共参政员为表示强烈抗议，拒绝出席国民参政会二届一次会议。沈钧儒等救国会参政员决定与中共参政员“共进退”，抵制国民党的倒行逆施。结果，1942年7月27日，在国民党政府公布的国民参政会第三届参政员名单中，将沈钧儒和其他救国会参政员全部除名。1944年第四届国民参政会召开时，也未恢复他们的参政员资格。但沈钧儒毫不妥协，继续为团结抗战和民主宪政而斗争。

当时，沈钧儒在重庆与周恩来、董必武等中共领导人有了更多的联系机会，并与中共进一步建立起了相互信任、相互支持、并肩战斗的关系。“听听共产党朋友的看法”是沈钧儒在时局发展令人困惑时经常说的一句话。为此，有人讥之为“中共的尾巴”，沈钧儒听后回答说：“共产党坚决抗日，为国为民，作这样的‘尾巴’，不是很光荣吗？”他甚至还曾对人讲：“现在人民的痛苦，真是如水益深，如火益热，惟中共才能拯民于水火之中。故我们必须跟着中共走，这是唯一正确的道路。”

抗战胜利后，沈钧儒又积极地投入到反对内战、争取和平民主的运动中来，并作为民盟代表参加了1946年的政治协商会议，坚决地与中共站在一起。随后，他又通过调停东北内战的切实经历，进一步认识到：“调停失败，责任完全在国民党，蒋介石背信弃义……中共说话算数，说到一定做到，他们是真正为了人民，为了国家。还有一点，中共不仅方针正确，论人品，他们每个人都品质高尚，作风正派。鲁迅生前曾说过，中国的希望在他们肩上，这一论断完全正确。”

全面内战爆发后，沈钧儒始终坚持政协协议，拒绝参加国民党一党“国大”，更加坚定地站在了中共一边。1947年3月，民盟发表《为国共和谈正式破裂宣言》，沈钧儒和章伯钧在讨论宣言稿时，曾反对宣言语意过于“中立”，不分是非，责备双方。据黄炎培日记记载：“衡山、伯钧等以语意太中立，多切责双方。彼等一向不许一句话侵及中共者，故对此文百端阻止发表。”显然，这反映了沈钧儒、章伯钧在民盟内部是属于亲共的左派。

1947年11月，民盟被迫解散时，沈钧儒心情十分沉重，反对在国民党的劫持和威胁下屈服。民盟被迫解散后，沈钧儒曾对周新民说：“民盟一定要搞下去，国内不能公开搞，我们只有去香港吧！”并表示：“我如走不脱，剃掉胡子也要走。”同年11月底，沈钧儒在中共地下党组织的帮助下，秘密离开上海到达香港。