全面抗战爆发后，国民党政府先后设立了国防参议会和国民参政会，沈钧儒被聘任为参议员和参政员，积极为抗日救国献计出力。1938年7月，国民参政会举行第一届第一次会议，沈钧儒在会上提出了《切实保障人民权利案》，要求国民党政府取缔使用非法手段对抗日群众进行迫害，释放在押政治犯，保障人民言论、出版、集会自由等。在随后开展的民主宪政运动中，沈钧儒更是积极参与其中，并始终站在运动的潮头。他曾说：“从民元前我就参加了宪政运动，直到现在，宪政一天不完成，我就还是宪政运动的积极分子。”

1939年1月，国民党五届五中全会制定了“防共、限共、溶共”的反动方针，并决定设立“防共委员会”，致使国共关系日趋紧张。为了调解国共关系，沈钧儒、邹韬奋和梁漱溟、黄炎培等人于同年11月成立了“统一建国同志会”。但当蒋介石从梁漱溟口中得知有沈钧儒、邹韬奋参加时，非常不满地说：“他们是中共的外围，怎么能和你们搞在一起？”梁漱溟只好解释说：“以我所知，两位并没有成见的，与其让他们在这一组织的外面，还不如约在里面。”蒋介石才点头默许。

蒋介石将沈钧儒等人视为“中共的外围”，并非完全是捕风捉影。1939年夏天，沈钧儒在重庆就曾向周恩来提出加入中国共产党的要求，当时周恩来表示：“先生现在是民主党派的负责人，不参加比参加了作用更大，对工作更好。”沈钧儒服从革命需要，遂未坚持入党要求。新中国成立后，沈钧儒又曾两次提出入党要求，但基于其特殊身份和地位，中共仍然希望他能够留在党外，并由周恩来出面，将其定位为“民主人士左派的旗帜”。

由于沈钧儒的左派立场，1941年3月，在决定将统一建国同志会改组为中国民主政团同盟时，有人认为沈钧儒及其领导的救国会与中共关系过于密切，担心将他们吸收进来，会被国民党蒋介石视为“中共外围的扩大”，因此建议沈钧儒和救国会暂不参加。沈钧儒为顾全大局，只好表示同意，直到张澜接任民盟主席后，才于1942年1月率领救国会正式加入民盟，从而大大增强了民盟的战斗力。