1938年12月，汪精卫叛国投敌，随即在上海、南京开始紧锣密鼓地筹组伪政权。马叙伦的学生、国民党军委会参议姜绍谟于1939年秋从后方潜来上海做地下情报工作。马叙伦置危险于不顾，让他住在自己家中，借以掩护他的工作。这时，马叙伦的另一个学生陈公博则积极追随汪精卫，于1940年春来到上海，参加所谓“和平运动”。姜绍谟得知后，建议马叙伦利用师生之谊，找陈公博谈一谈，希望能把他挽救回来。

马叙伦向陈公博晓以民族大义，希望他悬崖勒马，不要和汪精卫同流合污，赶紧停止卖国行动。陈公博却辩称，他虽主张“和平”，但不主张有行动，还说要请老师出来帮忙。马叙伦十分痛心地说：“我还是劝你不出来吧。我呢，早决定不出来。”1940年3月，汪伪“国民政府”在南京粉墨登场，陈公博出任伪“立法院长”兼上海市长。马叙伦得知后怒不可遏，指出汉奸集团最终必将被钉死在历史的耻辱柱上。

此后，陈公博曾多次请人转告马叙伦，希望能够邀约面谈或准前往拜访，均被马叙伦断然拒绝。1941年12月，太平洋战争爆发后，日军进占上海租界，马叙伦生活陷入困境。陈公博得知后，派人送来大米和食品，马叙伦急忙制止来人卸车，并说请回报“市长”：“盛情已领，但大米不能收！”来人只好将物品原封不动地带回。

1944年春节，陈公博带着礼品冒雨登门给马叙伦拜年，马叙伦再次劝其及早回头，但陈公博却越走越远，在汪精卫死后继其衣钵，代理伪国民政府主席，最终在抗战胜利后被枪决。马叙伦在抗战期间，虽然身陷敌占区，但始终“威武不能屈”，“贫贱不能移”，保持了中国知识分子的气节和品质。

抗战胜利后，马叙伦积极反对内战，争取和平与民主，并与王绍鳌（中共地下党员）等人一起，于1945年12月30日在上海成立了中国民主促进会。马叙伦指出，“纵览目前国是，非促进民主不足以建永固之国基，本组织为发扬民主精神以促进中国民主政治的实现而发起，故取名中国民主促进会”。

民进成立后，随即向1946年1月召开的政治协商会议发出了《建议书》，希望其能成为“解决一党专政、奠定民主政治、捩转整个中华民国历史的革命会议”。马叙伦也连续发表多篇文章，向会议建言献策，会后又为维护政协协议进行了坚决的斗争。