对于张盛藻的这份上疏，由两宫皇太后和奕訢所主导之下的清廷在刚开始并不是一味驳斥，而是以温婉的口气予以解释，并晓之以大义。在明发的上谕中，皇帝明确驳斥道：“朝廷设立同文馆取用正途学习，原以天文、算学为儒者所当知，不得目为机巧，正途人员用心较精，则学习自易，亦于读书学道，无所偏废，是以派令徐继畲总管其事，以责专成，不过借西法以引证中法，并非舍圣道而入歧途，何至有碍于人心士习？”[《筹办夷务始末》（同治朝），上海古籍出版社，2008年1月第1版]

也许是看到了朝廷对于张盛藻的态度并不严厉，另一位反对派的重量级人物、理学大师、同治帝的师傅大学士倭仁便亲自出马上阵了。

在同治六年二月十五日（1867年3月20日）和三月初八日（4月12日），倭仁先后两次上疏，先是要求“废止同文馆取正途学习”，之后更是变本加厉地要求“同文馆以不行为是”，公开主张终止同文馆的运作。

倭仁的这两道上疏尤以第一疏最为“慷慨激烈，义正词严”——

天文、算学为益甚微，西人教习正途，所损甚大。窃闻立国之道，尚礼仪不尚权谋；根本之图，在人心不在技艺。今求之一艺之末，而又奉夷人为师，无论夷人诡谲未必传其精巧，即使教者诚教，学者诚学，所成就者不过术数之士，古往今来未闻有恃术数而能起衰振弱者也。天下之大，不患无才。如以天文、算学必须讲习，博采旁求，必有精其术者，何必夷人，何必师事夷人？且夷人吾仇也。倘延夷人为师，祸患无穷，甚至亡国灭种。（见上书）

面对保守派的诘责，奕訢等人转变态度，开始奋起反驳倭仁为代表的愚昧落后的观点。奕訢批评倭仁的议论虽然“陈义甚高，持论甚正”，但终不过是“空谈道义、好为争辩”而已。

在给皇帝的上疏中，奕訢反守为攻，在表明了这些年来为中国寻求自强之路的心迹之后，他开始将倭仁的军——

该大学士既以此举为窒碍，自必别有良图。如果实有妙策，可以制外国而不为外国所制，臣等自当追随该大学士之后，竭其昧悉心商办，用示和衷共济，上慰宸廑。如别无良策，仅以忠信为甲胄、礼义为干橹等词，谓可折冲樽俎，足以制敌之命，臣等实未敢信。（见上书）