1966年春天，向达和商鸿逵为北大历史系制订了更为庞大的科研计划，并准备全身心的投入其中，逐步付诸实践。不料，着手不久，运动来临，工作遂而中断。就在这一年的夏天，“文化大革命”开始了，历史系邹衡教授记下了向达惨遭批斗的情景：“我永远不能忘记那个可怕的太阳似火的上午，时在1966年6月，几个‘造反派’架住被迫剃光了头的向达在三院二楼外晒得滚烫的房檐瓦上‘坐飞机’，一跪就是几小时，……向达已是六十六高龄。我看到有的教师吓得直哆嗦，我也感到他凶多吉少，躲在一边落泪。果然，从此以后，我再也没有见到一代巨匠向达。”此时已遭到如此折磨的向达，还暗中嘱咐友人“不必耿耿”，将如“凤凰涅槃，获得新生”。无奈事与愿违，他身患重病，不但得不到及时治疗，还要接受劳改和批斗，自诩身体健康如“铁汉”的向达，再也无法忍受折磨，终于在1966年11月24日含冤而死。“文革” 结束后，向达得到平反，他的藏书和手稿都由家属献给北大图书馆收藏，其中有不少珍本、善本，这是他对北大、也是对国家的又一贡献。