对冯友兰来说，由研究哲学进而发展到研究哲学史，既是一个飞跃，也是一种必然。不了解中国哲学的发展脉络，就不可能对中国哲学本身有真正的理解。20世纪20年代，在中国出现了一本被冯友兰誉为“具有划时代意义的书”，那就是胡适所写的《中国哲学史大纲》。但是，对胡适所代表的“疑古派”以及传统的“信古派”，冯友兰均不苟同，而是采取了“释古派”的治学方法，系统地叙述了古今哲学诸家的学说精髓，并予以详尽的考证。他自己认为，自己的这部书有一些基本的观点是“发前人之所未发，而后来也不能改变的”。这并非自视过高，因为对于这部书，著名英国学者李约瑟在数十年以后仍给以极高的评价，他说：“冯著是当今中国哲学史研究中最为博大精深的作品，必将长期受到西方世界的重视。”

《中国哲学史》于1934年8月分两卷出版。就在这年的11月，冯友兰却突然被国民党当局逮捕了，莫名其妙地被辗转押到保定监禁了两天。经友人多方斡旋后，又被莫名其妙地释放了。

原来，一年前冯友兰借休假机会赴欧洲考察，曾专程去苏联游览，不久前回国，多次发表演讲，对苏联的社会主义制度颇有好感，而且站在唯物史观的立场上说道：“一种社会的经济制度要一有变化，其他方面的制度，也一定跟着要变。”这未免有“赤色分子”之嫌了。

然而，作为堂堂清华大学文学院院长，就这样想抓就抓，也未免太过分了！此事自然在社会上引起了不小的震动。鲁迅当时曾说：“安分守己如冯友兰，且要被逮，可以推知其他了。”而冯友兰本人则说：“我可以乘此机会与南京政府决裂，大闹一场，加入共产党领导的革命队伍的行列。或者是继续我过去的那个样子，更加谨小慎微，以避免特务的注意。”他毕竟是个“安分守己”的人，所以“还是走了后一条路”。

冯友兰人生的第三个阶段，是从1936年到1948年，就是从日本全面展开侵华战争直到解放战争那段历史时期。

“七七事变”爆发不久，北平沦陷，京师诸多大学被迫南迁。冯友兰经长沙至南岳，参加由北大、清华及南开三校合并成立的“长沙临时大学”。因战事失利，不久后继续南迁，绕道越南而赴昆明，一路艰辛，无法细述。在路过凭祥的时候，冯友兰不慎左臂骨折，在河内住院治疗了一个多月才得重新上路。许多年后，他的女儿宗璞曾在一篇文章中记述了这件事情，不过那是冯友兰的好朋友金岳霖以一个哲学家所独有的幽默所进行的“艺术加工”：“当时司机通知大家，不要把手放在窗外，要过城门了。别人都很快照办，只有你父亲听了这话，便考虑为什么不能放在窗外，放在窗外和不放在窗外的区别是什么，其普遍意义和特殊意义是什么。还没考虑完，已经骨折了。”