冯友兰抵昆明后，担任了西南联大文学院院长。8年抗战，颠沛流离，即使是学界名人，也饱尝经济拮据、生活艰辛之苦。当时，联大的教授夫人们不得不靠变卖衣物甚至谋求“副业”维持生计。有的人制作蛋糕托人代销，有的人开小饭馆赚点费用，冯友兰的夫人任载坤想出的办法很是独特：支起油锅炸麻花，生意还算勉强可以。而对于冯友兰来说，最大的收获是他的《贞元六书》。

《贞元六书》包括《新理学》、《新事论》、《新世训》、《新原人》、《新原道》、《新知言》，自1939年至1946年陆续出版。它们可以说是6部相对独立的著作，也可以说是一部大书的6个“章节”。《新理学》主要讲“共相与殊相”也就是一般与特殊的关系，强调了一般的绝对性。而《新事论》是由在刊物上连载的12篇文章合成的一部书，它用《新理学》的理论研究当时的实际问题，其中讨论的问题十分具体，从中西方的社会性质讨论到“生产力”、“产业革命”以及中国抗战的现状及前景，这部书的副题就是《中国到自由之路》，可谓“理论联系实际”。《新世训》涉及的问题就更具体了，说的是“处世术”，也就是处世的态度和方法。这部书也是由一些连载文章合编而成，冯友兰自己认为，所讲的“不过是功利境界中的人的一种成功之路”，“说不上有什么哲学意义，境界也不高”。此话应属自谦之词。由于上述三部书被称为“贞元三书”，冯友兰在《新世训》的“自序”中就此名称进行了简要的解释。他说：“贞元者，纪时也。当我国家民族复兴之际，所谓贞下起元之时也。我国家民族方建震古铄金之大业，譬之筑室，此三书者，或能为其壁间之一砖一石欤？是所望也。”

在接下来的《新原人》“自序”里，他说：“近觉所欲言者甚多，不能以三书自限，亦不能以四书自限。世变方亟，所见日新，当随时尽所欲言，俟国家大业告成，然后汇此一时之作，总名之曰‘贞元之际所著书’，以志艰危，且鸣盛世。”所以，他相继又写出了其余的“三书”，从而成为“贞元六书”。

第四部《新原人》的“自序”起首，冯友兰说道：“‘为天地立心，为生民请命，为往圣继绝学，为万世开太平。’此哲学家所应自期许也。”