这一阶段从1966年5月“文化大革命”的发动到1969年4月中国共产党第九次全国代表大会的召开。中心任务是摧毁所谓“资产阶级司令部”，向走资本主义道路的当权派“夺权”；目的是所谓变“资产阶级专政为无产阶级专政”；运动表现为“怀疑一切”、“打倒一切”、“全面内战”。

1966年5月4日至26日，中共中央在北京召开政治局扩大会议（简称“五月政治局会议”）。会议对一些身负重责的中央领导人进行的错误批判和组织处理，并决定组织专案审查。5月16日，会议通过《中国共产党中央委员会通知》，即《五一六通知》。这个通知从形式上看，是针对彭真主持起草的《二月提纲》进行全面批判，而实际上系统地表达了1957年以来逐步形成的关于社会主义社会的阶级和阶级斗争的错误理论，确定了“左”的方针、政策，是后来被称为“无产阶级专政下继续革命理论”的第一次比较完整全面的论证，因而产生了重大的影响，成为发动“文化大革命”的纲领性文件。会议还决定撤销文化革命五人小组，重新设立文化革命小组（又称“中央文革小组”）。“中央文革小组”按规定直接隶属于政治局常委领导下，实际上逐步成为不受中央政治局约束的、直接指挥“文化大革命”的机构，并在很大程度上控制了中央各重要媒体，乃至全国的舆论工具。

1966年8月1日至12日，在毛泽东主持下，中共八届十一中全会在北京召开。会议通过了《中国共产党中央委员会关于无产阶级文化大革命的决定》（即《十六条》）。由“中央文革小组”负责起草，经毛泽东审定的《十六条》，对于“文化大革命”运动的目的、重点、依靠力量、方法、领导等根本性问题，都作了有严重错误的分析和规定。《十六条》的通过表明，中共中央正式确认了“文化大革命”的全局性的“左”倾错误指导方针，完成了进行“文化大革命”的法定程序。会后，刘少奇、邓小平和其他一些中央领导人相继受到审查和批判。全会调整后的中共中央机构并没有正常运转。只有“中央文革小组”在毛泽东个人的直接领导下，发挥越来越大的作用。“一九六六年五月中央政治局扩大会议和同年八月八届十一中全会的召开，是‘文化大革命’全面发动的标志。”《三中全会以来重要文献选编》下，人民出版社1982年8月第1版，第812页。毛泽东的左倾错误的个人领导实际上取代了党中央的集体领导，对毛泽东同志的个人崇拜被鼓吹到了狂热的程度。林彪、江青、康生、张春桥等人利用所谓中央文革小组的名义，乘机煽动“打倒一切、全面内战”。“文化大革命”就是在这种特定的历史条件下全面开展起来的。

1966年10月5日，中共中央转发中央军委、总政治部的紧急指示，宣布取消“军队院校的文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导的规定”。从此，全国掀起了“踢开党委闹革命”的浪潮，除野战部队外，各级党委陷入瘫痪，基层党组织停止活动。接着，毛泽东主持召开以批判“资产阶级反动路线”为主题的工作会议，点名批判刘少奇、邓小平，强调让群众自己教育自己，自己解放自己。会后，全国掀起批判资产阶级反动路线的高潮。同年12月，中共中央发出《关于抓革命、促生产的十条规定（草案）》和《关于农村无产阶级文化大革命的指示（草案）》，规定业余时间由群众安排搞文化大革命。到了1966年底，经过七个多月的发动，“文化大革命”终于以难以阻挡之势全面展开了。

1967年1月6日，以王洪文为首的“上海工人革命造反总司令部”等造反组织在江青、陈伯达、张春桥等策动下召开“打倒上海市委大会”，夺了上海市委的权，这就是“一月夺权”。1月8日，毛泽东表示支持并号召夺权。随着“全面夺权”的开展，无政府主义急剧膨胀，全国动乱迅速升级。

全国范围的全面夺权狂潮造成了严重的社会动乱，导致工农业生产的进一步破坏，社会秩序的进一步混乱，人民生命财产得不到保障，生活供应也陷于困境。这样的严重局势，引起了老一辈革命家们的担心和忧虑。在1967年1月扩大的军委碰头会和2月11日、16日两次有许多政治局委员参加的碰头会上，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等老同志，对林彪、江青等人的倒行逆施提出严厉批评。他们的正义呼声被诬为“二月逆流”，受到压制和打击。

1968年9月5日，西藏、新疆两个自治区的革命委员会同时成立。自1967年1月上海夺权到这时，经历了20个月错综复杂的斗争，全国（除台湾外）29个省、市、自治区先后成立了革命委员会。这标志着“文化大革命”的夺权任务已经基本完成，实现了所谓“全国山河一片红”。

1969年4月1日至24日，中国共产党第九次全国代表大会在北京举行。林彪代表中央所作的政治报告和大会通过的新党章，肯定“文化大革命”和“无产阶级专政下继续革命的理论”，并把林彪作为毛泽东的“接班人”写进党章“总纲”。“党的‘九大’使‘文化大革命’的错误理论和实践合法化，加强了林彪、江青、康生等人在党中央的地位。‘九大’在思想上、政治上和组织上的指导方针都是错误的。”《三中全会以来重要文献选编》下，人民出版社1982年8月第1版，第812页。随后举行的九届一中全会，选举毛泽东为中央委员会主席，林彪为副主席。在新选出的中央政治局委员中，林彪、江青集团的骨干和亲信占了半数以上，使他们在中央领导机构中掌握了更大的权力。通过九大和九届一中全会，林彪、江青两个集团虽然部分实现了他们篡党夺权的野心，但他们的野心是没有止境的。“文化大革命”并没有像毛泽东主观预计的那样趋向结束，出现“天下大治”的局面，反而由于林彪、江青两个集团在中央和地方取得了更多的控制权力，以及他们之间日益加剧的互相争夺，使“文化大革命”继续沿着错误的轨道滑行。