袁世凯在吴长庆军中磨砺了许久，但是一直没有找到可以一试身手的机会。他听说有军情，于是自告奋勇要求报名参战。吴长庆的军队由于长久驻扎，没有操练，军队战斗力非常衰弱。现在军队整装待发，可是军官借故躲避，士兵到处逃窜，营务处以及各营的武官都纷纷请假。正当吴长庆痛恨手下退缩不前的时候，袁世凯却请战，吴长庆欣喜异常，对袁世凯大加表扬，并派遣他为援朝鲜的先锋委员，率领二百名亲兵先行开赴朝鲜。袁世凯得到军权后，他的党徒也都得到了委任。袁世凯带领军队长驱直入，到达朝鲜后随即大肆杀戮。当得知变乱的起因是由大院君煽起之后，袁世凯表面上派兵保护大院君，实则暗地里将大院君囚禁起来，静等吴长庆的军队和丁汝昌的水师军舰到朝鲜后，再对大院君进行发落。此时，我日本国的花房公使也带领海陆军队进入朝鲜京城，向朝鲜兴师问罪。朝鲜答应给日本赔款五十万元，并同意我日本国派驻二中队的守备部队，保护日本使馆的安全。当日本公使和朝鲜朝廷谈判时，袁世凯经多方侦探，打听到日本和朝鲜的协议已经达成，日本还获得了一定数量的赔款，他对此忿忿不平。当时袁世凯的权力还不能直达清廷，只能鼓动吴长庆、丁汝昌等人，立即将日本向朝鲜索要赔款的事情上报给清政府，想通过一些手段对赔款一事进行干涉。清政府于是命令驻东京的清政府公使和丁汝昌出来调停此事，而日本则坚决不同意。袁世凯于是向吴长庆建议，可先将大院君擒拿审问。于是清军在八月二十六日将大院君拿下，交给了丁汝昌，送到天津交给李鸿章审讯。作为国君的父亲，无缘无故被逮到别的国家，已属天下奇闻，而现在又交由李鸿章进行审讯，只有暴虐荒诞的清朝，才能做出这样的事情！如果不是因为韩王昏庸懦弱，此事岂能善罢甘休。清军驻扎在朝鲜名义上是为了肃清朝鲜的内乱，而实际上则是到处制造事端，加上袁世凯所带的亲兵，多是他家乡的一些无赖之徒，这些人穷困多年，自认为这次出征来到的是清朝的藩属国，所以肆行暴虐，无所不为，朝鲜几乎没有一寸干净的土地了。当时各种新闻报纸都纷纷登载吴长庆军队的种种暴行，就连清朝的御史张幼樵（ 按：张爱玲祖父，李鸿章的女婿，字幼樵 ）也上书弹劾吴长庆。清政府命令李鸿章责罚吴长庆治兵不严，并查办军中的闲散人员，将他们遣送回国。吴长庆本是个谨慎的人，在清朝的军界颇负盛名。这次不仅受到各家报纸的负面报道，还受到清政府的训斥，于是他将全军的武官都集中起来大力进行整顿。当时军中有个跟随吴长庆多年的参将叫黄仕林，战功卓著。他手下的人曾抢到一名相貌漂亮的民女，打算献给黄仕林，但却被袁世凯手下的人抢走了。黄仕林到袁世凯处索要，袁世凯置之不理（ 另一种说法是此女已被袁世凯占有 ），黄仕林因此嫉恨袁世凯。此时正好吴长庆把大家召集在一起进行会商，黄仕林趁机向吴长庆汇报说：“所有这些坏事都是袁世凯带的亲兵小队干的，我看到后曾告诉过袁世凯，但他竟然置之不理。”袁世凯听说后，强忍着没有发作，等到第二天出去巡查的时候，恰好碰上黄仕林的手下闯入朝鲜民宅强奸民女，袁世凯将其就地正法示众，随后才向黄仕林禀报此事。不料想，袁世凯所杀之人正好是黄仕林最为亲信的人，黄仕林痛恨之极，拿着手枪径直来到袁世凯的住处。此时袁世凯去向吴长庆通报此事尚未回来，黄仕林愤怒之余将袁世凯的房间破坏了一番才离去。袁世凯的手下到吴长庆营中去禀报此事时，黄仕林也杀到了吴长庆营中。吴长庆见黄仕林来者不善，就令袁世凯暂且躲避一下。黄仕林到后，气得说不出一句话，只有要了袁世凯的性命才能甘心，即使是在长官面前也毫不顾忌。之后不久，吴长庆把黄仕林调到别的地方，将他与袁世凯隔绝起来，才解了此围。几天后，袁世凯的马夫随着袁世凯出巡，怀里揣了一件女人的衣服，被袁世凯发觉，袁世凯盘问他衣服的由来，马夫支支吾吾，没说出个由头，袁随即将他就地处斩。庆军在袁两次重罚之后，军纪陡然严明，即使是袁世凯的亲信和爪牙也都大为恐惧，朝鲜的全境也因此稍稍有所安定，吴长庆大力表扬袁世凯能治军。