李鸿章得到袁世凯的禀报后，即刻转告清政府。明治十七年，也就是光绪十年（ 1884 ）的冬天，朝鲜京城开设了邮便局，准备借此机会大摆筵席进行庆祝。独立派的首领金玉均、朴永孝等，与自己的同党预定，准备趁机发动起义，并私下告知了日本的竹添公使。这天祝贺宴会刚刚开始，金玉均和朴永孝的党羽就聚众起义，杀死了事大派的首领，六大臣也同时被杀，朝鲜的京城一片大乱。韩王害怕起义波及自己，便向我日本国的竹添公使寻求庇护。日本公使应韩王的请求，率领保护使馆的两个中队入王宫进行守卫。袁世凯听到这个消息后，马上率兵袭击王宫，因为日本公使先到王宫，所以袁世凯给日本公使写了一封信。大意是说，他是应韩国民众的请求来保卫王宫的，约日本公使当面商量保护的方略。这封信刚送至王宫，日本公使还没来得及拆开信，袁世凯的军队就已经打响了第一枪。当时朝鲜的士兵守着宫门，日本的军队驻扎在王宫的内院，清兵入门时先是击毙了朝鲜士兵几十人，然后又与日军展开了交战。清军人数众多，敌众我寡，日本公使的处境非常危险。幸运的是朝鲜士兵曾携带一具轰雷入宫，日军知道清兵多是贪财之人，于是把计时器系在轰雷机上。袁军的士兵果然来抢这个东西，正好触动了机关，炸伤了多人，炸毁了数间房屋，袁军这才不敢继续前进。日本公使因此得以偷偷跑了出去。韩王被袁世凯押至清营，清军对朝鲜王宫大肆蹂躏，汉城大乱。在朝鲜居住的日本商人遇害者达到40多人。竹添公使逃到仁川，把情况报告给了政府，金玉均和朴永孝等人仅仅被免除一死。甲申之变，金玉均和朴永孝等人不过是为了铲除昏聩顽固误国的大臣，让朝鲜实现独立自强，一片忠心全是为国家谋生存。但袁世凯擅入王宫，大肆杀戮，难道不是制造了一场巨大的变乱吗？这就是袁世凯在朝鲜京城处理甲申变乱的大概情况。袁世凯做出如此暴行的原因是大有深意的。当袁世凯把韩王押至军营的时候，已经给李鸿章发了电报，他的用意实在令人可惊可畏，现将其报告给李鸿章的电文列举于下：

十八日晚，逆党金玉均、朴永孝等藉日本兵力戕杀大臣六人，汉城大乱，臣民纷纷来营禀报。据称日使竹添带兵入宫，国王吉凶莫测，乞求援救。卑职闻报，即派兵前往，并先致函日使，略云：应韩臣民之请，派兵保护王宫，劝其将兵队退出，以靖人心，勿受乱党之愚，激成大变，候其复答。

自辰至未，该使竟置不理，复饬营弁持名片往询，日兵竟开枪击毙我弁兵各一名。我兵甫入宫门，日兵即放排枪迎击，持战一时之久。幸我将士奋不顾身，拼命攻击，伤亡共十四人。日兵不支，由便门逃出，我军遂入宫搜拿余党，不料日人狠毒，预伏地雷，兵丁误触雷线，炸毙两人，毁殿屋九间。于宫侧庙内寻得韩王，惟乞救护，询问六大臣何罪被杀，推以不知，皆日使与金、朴诸人所为。王不敢居住宫内，乞为设法安置，遂议到营暂住。卑职一面派员访拿乱党，保护宫殿，弹压地方；一面严申军令，有敢擅动臣民一草一木者杀无赦。党首金玉均等闻已随日使逃窜，余党潜伏，人心惶惶。查此次变乱之原因，系竹添与金、朴等谋使韩王叛我以自立，因此六大臣平素皆恭顺于我，遂先杀之以决王意。

窃思数十年来，我国家糜饷劳师保全藩属，仁至义尽。该国王昏庸暗懦，暮楚朝秦，若不急早图之后患何堪设想。第思日本既能废琉球，我又何不可废朝鲜改为行省，许各国往来通商，各国必不与我为难。所与我争者日、俄耳。俄不过欲在太平洋得一不冻海口，可虚与饵之。我之海陆军尚可与日本抗衡，日苟与我起衅，尚左券可操。卑职居此日久，密迩东瀛，彼国虽褊小，上下一心，其图谋并吞高丽形迹已彰，若复数年羽毛丰满，则难图矣。且此次之变，日本擅自带兵入韩宫，戕杀大臣，其荒谬无礼亦公法所不容。时哉不可失，惟宪台裁之。