袁世凯护理总督的时间虽然不长，但是凡事都极为认真，每件事情都做了长久的打算，当时福靖兵轮在海洋中遭遇到风暴，袁世凯就为那些遇难的船员申请了抚恤，遇难船员的家属都十分称赞袁世凯的恩德。虽然北京人心惶惶，但是天津倒还平静，等到裕禄到任后，袁世凯仍旧回到小站去训练新兵。其实此时的袁世凯，也处于一个非常危险的境地，现将其交接职务时候的奏折部分摘录于下：

……窃查新任督臣裕禄，于八月二十日行抵天津，接印任事。臣即于是日交卸。伏查臣所部新建陆军，现驻小站一带，拱卫畿疆，是臣专责，巡缉操防，在在均关重要。臣拟即驰回防所，督饬将领，暨臣营武备各员司教习，认真训练课导，精益求精，以期储备将材，悉成劲旅。搜卒补乘，敢忘绸缪未雨之谋；秣马厉兵，冀收袍泽同仇之效。

当时清朝人谈论到袁世凯时，还是认为他和康有为是同谋，朝廷虽然暂时不追究，但最终还是要处置他。这年十月，袁世凯忽然接到圣旨要他入京拜见皇帝。当袁世凯到京城的时候，人们都认为袁世凯恐怕不能生还了，袁世凯的手下及军队中的士兵也都惶恐不安。袁世凯在十月二十三日抵达京都，二十四日被召见，二十五日接到御旨：

候补侍郎袁世凯，著在西苑门内骑马，并乘坐船只拖床。钦此。

袁世凯被召见后仍然安全地回到了营中，议论的人们就说这肯定是荣禄力保袁世凯，否则袁世凯是逃不掉这次灾祸的。

光绪二十五年（ 1899 ）春，荣禄上书说：“新建的陆军经袁世凯的训练已达三年，成效卓著，请予以奖励。”朝廷下发了奖励的圣旨：

荣禄奏新建陆军训练三年，著有成效，请将出力员弁择优保奖一折。新建陆军经候补侍郎袁世凯悉心擘画，按照泰西操法，训练精勤，现在已历三年，确有成效。该侍郎勤明果毅，办事认真，深堪嘉尚。袁世凯著交部从优议叙，所有该军得力员弁，著荣禄传知该侍郎，准其择优酌保。

袁世凯因考核成绩优异，交吏部核议，奏请给予奖励后，朝廷在五月初九下旨：

工部右侍郎兼管钱法堂事务，著袁世凯补授。钦此。

当时光绪帝忧劳成疾，不亲理朝政，所以，袁世凯的升迁都是西太后的旨意（ 这时，康有为在新加坡带头宣扬西太后将光绪帝囚禁在瀛台，并且给他玻璃粉，等等 ）。袁世凯被补授工部右侍郎后就上奏折感谢皇恩：

奏为叩谢天恩，恭折仰祈慈鉴事。窃臣伏读邸钞……自天闻命，伏地增惭，当即恭设香案，望阙叩头谢恩讫。伏念臣一介庸愚，毫无知识，昔奉使于海外，叨拜监司；继典兵于畿南，谬陈臬事。愧乏涓埃之报，叠邀高厚之恩，超迁远过乎寻常，班列遽跻诸卿贰，实形尘忝，时切冰兢。兹复渥荷温纶，真除水部。职考工而六官幸附，稽圜法而九府兼司。自顾辁材，膺斯宠遇。鹈濡益忧其不称，鳌戴弥觉其难胜。惟有趋叩宫门，跪聆慈训，瞻天仰圣，稍纾依恋于九重，竭力殚心，冀答生成于万一。所有微臣感激下忱，谨缮折具奏，叩谢天恩，伏乞皇太后圣鉴。