当时人们见到袁世凯上奏的谢恩奏折后都认为他目无皇上，但却不知袁世凯另有还写了一封感谢光绪帝的奏折，现将它也摘录于下：

奏为叩谢天恩，恭折仰祈圣鉴事。……伏念臣中州下士，材识凡庸。浙水分巡，愧无坠露轻尘之报；畿疆陈臬，常懔素餐赤芾之讥。未建寸功，谬膺内转，一心兢业，五夜惭惶。兹复钦奉温纶，祗承特简。率百工而兴作，忝职司空；合六府以交修，兼综圜法。凡此宠荣之叠被，惧怍捣昧所能胜。臣惟有趋诣阙廷，叩求训诲，仰聆天语，冀稍宽陨越之愆，俯励冰心，当奋黾从公之志。所有微臣感激下忱，谨缮折具陈，叩谢天恩。伏乞皇上圣鉴。

西太后这次垂帘听政，内事依靠李莲英，外事依靠荣禄，而李莲英、荣禄都和袁世凯有着密切的关系，所以袁世凯日益受到西太后的赏识，他的权力也日益膨胀。这年冬天，山东义和拳暴乱，山东巡抚毓贤被御史弹劾，荣禄就说袁世凯办事符合机宜，可以被大用，保荐他出任山东巡抚。圣旨如下：

毓贤著来京陛见，山东巡抚著袁世凯署理，即行来京请训。钦此。

袁世凯从戊戌年的秋天至今，只不过刚满一年，他就从臬司一直升到山东巡抚，可以说是升迁飞速，但是在袁世凯自己看来还不是很满意。袁世凯认为自己操练新兵，煞费苦心，一旦将新兵移交给他人，势必会发生变化，那么自己多年的经营也就会化为乌有。西太后和荣禄也考虑到这一点，所以下令袁世凯来北京训练军队。当时新建的陆军并没有派人训练，所以就想和袁世凯当面商议人选。袁世凯被召见时，西太后问，新建陆军归谁统帅好呢？袁世凯将自己多年来如何操练将士、如何挑选武器装备详细说明了一番，还说：“这些都是清朝从来没有过的事情，微臣训练的新军虽不敢称为劲旅，但是所有的军队都可以和东西方各国相比。近来常有外国的军官到微臣的军队中去看操练，他们也都啧啧称赞。清朝旧日的统兵大员，都不认同微臣的训练方法，关于统帅陆军的人选，我实在不敢轻易拟定。微臣的部下中虽然有一两个精通训练士兵的人，但都还资历浅薄，现在还难担当重任。如果没有找到合适的将领，即使是有用的士兵，也是不管用的。微臣的多年心血固然无足轻重，但国家数百万的金钱，也更应该加以珍惜。”袁世凯回奏完西太后，就前去拜见荣禄。对荣禄说：“山东的土匪猖獗，又加上义和拳迷惑民众，山东的形势实在令人担忧呀。山东的军事防御不堪一击，都是些老弱病残，如果朝廷能允许我将新建的陆军带往山东，既可以剿灭土匪，又可以随时训练，着实是一举两得的好办法。否则我实在不忍舍去这多年训练的军队，坐等着看它逐渐废弛。我仍愿操练士兵，这么多年来我训练新兵有一些感悟，我想这些对于新军的壮大是非常有好处的，如果中堂大人能看到我写的这部兵书，就能知道我所说的这些具体情况了。”荣禄就将这些转奏给了西太后，西太后下旨允许袁世凯带着军队前往山东赴任，以方便军队训练。袁世凯既背负着开疆守土的重大责任，又控制了兵符，这是一身兼任两职。