当袁世凯回老家的时候，北洋大臣交给了直隶藩司吴重熹护理。袁世凯回到天津后，就上书请求接回印绶，接到的圣旨是：

袁世凯著派充督办商务大臣，与张之洞会同办理，并会议各国商约事宜。钦此。

十一月初九，又接到圣旨：

现在八旗挑选兵丁已逾万人，著派魁斌、溥伦、桂春、景沣、荣庆、铁良于所挑人数内，再行挑选四千人，并著姜桂题随同遴选。所挑之人数，先派三千人交袁世凯认真训练，期成劲旅；其未经挑入之兵丁，如有尚堪充选者，著一并记名。俟著有成效，再行轮次分派前往，俾资练习。钦此。

袁世凯接到训练八旗兵丁的圣旨后，就入京陛见，袁世凯在回答皇帝提出的问题时说，没有军队就无法立国，全国除湖北省之外，各省的军制都还是以前的旧制，只是在浪费国家的钱财，必须各省通力协作才行。这时西太后把袁世凯看做股肱心腹，所以对他言听计从。于是下诏：

练兵之道，最忌纷歧，曾经迭次降旨，饬各省督抚整顿兵制，期归一律。乃近来各省奏报，仍多搪塞，绝少切实办法，殊难望有成效。查北洋、湖北训练新军，颇具规模，自应逐渐推广。所有河南、山东、山西各省，著速即选派将弁头目，赴北洋学习操练。江苏、安徽、江西、湖南各省，选派将弁头目，赴湖北学习操练，成后即发回各原省，令其管带新兵，认真训练，以资得力而期画一。每年由湖北、北洋请旨简派大员，分往校阅，按其优劣，严加甄别，用副朝廷整饬武备，实事求是之至意。其详细章程，著袁世凯、张之洞妥议会奏，请旨遵行。钦此。

十一月二十七日又下旨：

正阳门工程，著派袁世凯、陈璧核实查估修理。钦此。

十二月十七日又下旨说：

前因电务为军国要政，应归官办，已谕令袁世凯、张之洞筹还商股，将各电局悉数收回，候派大员经理。著即派袁世凯为督办大臣，直隶布政使吴重熹，著开缺以侍郎候补，派为驻沪会办大臣。该局改为官办之后，其原有商股不愿领回者，仍准照旧合股，朝廷于维持政体之中，仍寓体恤商情之意。该大臣等务当通筹全局，认真办理。将从前积弊，一律剔除，以期上下交益。钦此。

清光绪二十九年（ 1903 ）正月，朝廷下旨云：

三载考绩，为国家激扬大典，京内外满汉诸臣，有能恪供职守，劳绩最著者，允宜特加甄叙，以示优异。兹当京察届期，吏部开单奏请，朕详加披阅……直隶总督袁世凯……尽心规画，劳怨不辞，均著交部议叙。钦此。