左宗棠在当时军费短缺、中央财政拨款不及时的情况下，接收这些潜规则的灰色收入，给家里留了几百两银子后，便将其余所有的钱捐给了灾民，充当了军费。这也是楚军军纪相较于其他派系好的主要原因，主帅敢于节俭部众哪敢为非作歹？

为了振兴浙江，左宗棠在农业方面大力实施屯田开垦政策，希望军粮能有一部分自给自足；由政府免费发放耕牛；积极进行经济作物桑棉的种植，由此增加农民的收入。他还整理修建水利设施，沿海地区面临着海水侵蚀的威胁，左宗棠想尽各种办法筹集了20多万两白银，由按察使段光清临时修建土堤防止海水侵扰。

在商业方面，左宗棠通过积极进行招商引资、降低商业税、增加商贩活动区域等方式，使杭州等地的商业活动逐渐恢复。

积极与清廷当局的腐化行为作斗争。晚清统治者不如晚明甚至南宋统治者的主要特征之一，就是皇族在国家危难之际仍然继续无休止的享乐。以杭州为例，杭州织造局负责浙江全省的关税，每年的十多万两白银直接供奉皇室。

为了解决浙江的民生问题，左宗棠强势出击，要求晚清政府停止征收关税，将截留下来的关税用做民生。清廷和织造局负责人虽然不满意左宗棠的做法，但鉴于其功绩不得不同意。而织造局本身在浙江，显然如果不与地方当局搞好关系，其本身也很难运营下去。因此，织造局不得不同意强势的左总督的要求。

当然，以上政策和行为是在治理好军事之余进行的，而彼时，左宗棠的主要工作还是跟太平天国作战。1864年的战争天平已经完全摆到了晚清政府一方。6月16日南京被攻占，洪秀全之子洪天贵逃到湖州，黄文金、洪仁　等人也撤退到湖州，清廷与太平军的最后一次大战爆发。7月27日湖州失陷。然而，对于淮军郭松林、潘鼎新、张树声等的不请自来，左宗棠一直心有不甘。

其后太平军李世贤、汪海洋部率领20万大军进入福建。左宗棠立刻命令黄少春、刘明珍、康国器、刘典、高连升等迅速前往福建福州防守。其后，11月27日左宗棠前往福建亲自指挥战事。