1865年初，太平天国余部撤退到厦门、漳州一带。左宗棠立刻命黄少春、王德榜，李鸿章命郭松林、杨鼎勋猛攻漳州。左宗棠于4月15日来到福州指挥作战，6月李世贤被汪海洋杀死，清廷下令加封左宗棠管制广东、福建、江西三省军事。7月汪海洋逃往广东，左宗棠率军进入广东。12月12日嘉应战役开始，22日夜嘉应城失陷。

1866年2月18日，左宗棠从广东回到福州闽浙总督衙门，太平天国运动彻底失败。自2月份开始的7个多月，是左宗棠为政福州时期。期间他开始了左氏洋务运动：修建福州船政局、建立了第一家海军学校。在此基础上形成的马尾水师，也成了中国近代海军的雏形之一。通过这一伟大行为，则透露出左宗棠的睿智，也打破了左氏只重陆防的谣言。

就连一向同左宗棠交恶的赵烈文也不得不认为：“在浙江，绍兴居民皆已复业，萧山诸境，民船夜行，橹声相应也，杭省百废俱起，复城未两月，已议及海塘。各郡之漕皆减定，颂声大作。以此观之，左之吏治实胜李（暗指李鸿章）十倍。”

然而，这种努力陡然间被一件重要且紧急的事情打破了：南方太平天国运动被剿灭后，北方数省的农民起义、西北少数民族起义、西北外国殖民侵略战争同时爆发，晚清政府统治再次处在风雨飘摇中。湘军、淮军必须北上，否则，清廷统治将难以为继。作为封疆大吏的左宗棠，其实对北方发生的事情早有观察，特别是新疆。

彼时，北方大地，也就是今天的新疆、陕西、甘肃（宁夏、青海归属甘肃管辖）大乱有着深刻的历史原因和现实原因，在那里有四个国家九方势力进行着角逐，问题异常复杂，稍有不慎，即使平定之后，也会因为仇恨加剧灾乱。

西北的混乱必须要由重臣、能臣解决。当时，曾左李最合适。但因为曾国藩地位和年龄的原因，就得从左李二人中选定。最终，左宗棠被选中前往西北。然而，因为船政局的事务，左宗棠数次请求延期出征。待三顾请来林则徐的女婿沈葆桢、制订船政局各项章程、挑选厂址等问题解决后，左宗棠最终于1866年11月16日离开福州。