1876年三四月间，李鸿章对沈葆桢说：“阿古柏的虎狼之师与沙俄狼狈为奸，左宗棠必败，中国人又该被外国人笑话了。”

然而实际情况却让李鸿章大为惊讶。1876年4月26日刘锦棠率军出征，两个月攻占乌鲁木齐，又一个半月攻占玛纳斯城，阿古柏第一次乞降。1877年4月刘锦棠大军收复吐鲁番，一个多月后阿古柏死。

而这年的7月7日英国第二次请求清军停战，同时山陕豫等地发生旱灾。李鸿章和郭嵩焘等再次以新疆南部地区是没有任何用处的地方，与其花那么多军费倒不如省下来。既然阿古柏愿意做属国，那么我们不如趁着形势比较好的时候同意，那样的话他们就会感激我们，从而成为我们的屏障。

当左宗棠继续进兵并且势如破竹、阿古柏死讯也传到李鸿章的耳朵后，李鸿章再次以这样的调调说：左宗棠怎么能妥善处理新疆事务呢？根本不可能（起先是刘锦棠与左宗棠发生矛盾，前线恐怕会生变。其后又是阿古柏之子投奔俄军将伺机反扑。最后则是白彦虎逃到沙俄，这样的匪首都没有捉到，无法善后）。

1878年左宗棠准备收复沙俄占领下的伊犁时，李鸿章再次发话，他说：“沙俄方面纵容白彦虎和安集延侵扰中国，左宗棠便命令禁止与俄国通商。这样做不是让归还伊利更难吗？崇厚崇大人此去谈判必然无功而返。”

崇厚回来后，便被绳之以法。李鸿章对此大为不满，并说：“左宗棠带领着一帮书生、不懂事的官员就知道高谈阔论，一点也不顾及国家的安危。西征军有什么把握对付沙俄军队？沙俄根本不用调动大兵，只需要命令哈萨克、安集延、白彦虎等匪寇进攻即可。这时，必然是首尾难顾，这种情况可真是令人担心呀。”

此时，李鸿章已经开始公开辱骂了。他说：“沙俄是西方国家中最强大的，其领土之广阔不是英美德法可以比拟的。他们侵占伊犁本来就不打算还我们（以前李鸿章主张谈判，既然早知道就不打算给了还谈什么呢）。对于这片领土来说离欧洲比较远，最终必被收回，不用这么着急嘛。可如今呢，权臣们开始好大喜功了，根本没有听从众人的意思，竟然选取了一个既软弱，又没有识人、用人心胸的人来主持大局。”

等左宗棠胜利之后，他却把新疆说成是“人所不争之地”，又说阿古柏的军队是乌合之众，极力贬低新疆的重要地位。在他的心里只有海防是事关全局的大事，其他的都无关紧要。在这里我们不禁要问一问，李鸿章除了真心认识到海防的重要性以外，还有什么更深远的考虑吗？他甚至斥责左宗棠是奸臣，说他“饰词欲战，不顾国家全局，稍通古今者，皆识其奸伪”。