《粤汉铁路借款合同》签字后，华美合兴公司即派员对线路进行了勘察。1899年3月，华美合兴公司向中国方面提交铁路附近开矿章程，提出在韶州、衡州、郴州等地开矿的要求。中方根据清政府路矿不能兼办的新章程，婉拒了美国方面的要求。然而美国方面坚持认为，中美粤汉铁路的借款合同在前，而新规定在后。根据中美《粤汉铁路借款合同》的约定，美方有权在铁路所经过的附近地区开矿。

美方的要求引起了湖北、湖南、广东三省绅商的强烈不满，而已经签署的借款合同中也确实同意华美合兴公司有在铁路所经地区开矿的权利。这种不可和解的冲突使粤汉铁路的合作谈判几乎陷入僵局，后来在美国驻华公使及张之洞等人的调解下，粤汉铁路合作的谈判得以继续。1900年7月13日，中国驻美公使伍廷芳代表督办铁路大臣盛宣怀在华盛顿与华美合兴公司签订了《粤汉铁路借款续约》，对先前的合作略作调整。

续约签订后，美方拖延合同的执行，甚至私自将三分之二的股权卖给了比利时万国东方公司，擅自决定粤汉铁路南段由美国修筑，北段由比利时修筑。

与粤汉铁路相关联的湖南、湖北、广东三省民众（当然主要是民族资产阶级）本来就对清政府将粤汉铁路修筑权交给美国华美合兴公司极为不满，现在更对华美合兴公司的违约举动义愤填膺。1903年春夏之交，三省绅商强烈要求清政府废除合同，收回路权，向民间资本开放路权，由三省筹措资金自办。

两湖及广东三省绅民的呼吁引起了全国性的响应，在这种情况下，张之洞只好听从民意，以675万美元的高价赎回粤汉铁路的修筑权。