雍正帝对年羹尧不满，发出信号：“可惜朕恩，可惜己才，可惜奇功，可惜千万年声名人物，可惜千载寄逢之君臣遇合。”年羹尧觉得大事不妙，赶紧乞罪：“臣今日一万分知道自己的罪了。若是主子天恩怜臣悔罪，求主子饶了臣，臣年纪不老，留下这一个犬马慢慢地给主子效力；若是主子必欲执法，臣的罪过不论那一条那一件皆可以问死罪而有余，臣如何回奏得来。除了皈命竭诚恳求主子，臣再无一线之生路。伏地哀鸣，望主子施恩，臣实不胜呜咽。”但是，为时晚矣。

四月，雍正帝谕：“羹尧举劾失当，遣将士筑城南坪，不惜番民，致惊惶生事，反以降番复叛具奏。青海蒙古饥馑，匿不上闻。怠玩昏愦，不可复任总督，改授杭州将军。”而以岳钟琪署总督，命缴回抚远大将军印。

十二月，年羹尧被逮至京师，议其罪状：年羹尧大逆之罪五，欺罔之罪九，僭越之罪十六，狂悖之罪十三，专擅之罪六，忌刻之罪六，残忍之罪四，贪黩之罪十八，侵蚀之罪十五，凡九十二款，当大辟，亲属缘坐。命领侍卫内大臣马尔赛、步军统领阿齐图赍诏谕年羹尧狱中自裁。年羹尧父遐龄及兄希尧夺官，免其罪；斩其子年富；诸子年十五以上者皆戍极边。羹尧幕客邹鲁、汪景祺先后都坐斩，亲属给披甲为奴。

雍正帝为什么要杀年羹尧呢？有两种不同的见解：一种是年羹尧帮助胤禛谋取皇位，在西北钳制皇十四贝子允禵，知道机密太多，狡兔死走狗烹，遭忌被杀；另一种是年羹尧居功自傲，专横擅权，结党营私，咎由自取。事情真相，是个疑案，历史教训，值得思考。

外戚仰仗皇权，贤者谨身奉法，乾乾自强，惕惕自律；贪者狐假虎威，扬扬自得，昏昏自孽。前者虽没有那么多的财富与权力，却过得安详，平安落地；后者虽占有极庞大的财富与权势，却妄作威福，福满祸生。知书达礼，朝乾夕惕，平安一生，子孙安宁。