接着，司马睿下诏，任命司空王导为前锋大都督，以尚书令刁协出督六军，加封周顗为尚书左仆射，王邃为尚书右仆射，建康附近的地方官全部加军号。

至此，司马睿的部署业已全部完成：戴渊领兵扼守建康朱雀桥，负责建康城的正面防卫；刘隗前突至金城，迎击敌人；右将军周札驻守建康西面门户石头城，护卫建康的西面；太子右卫率周筵（周札的侄儿）火速赶往了三吴去平定沈充。同时，司马睿也正式下诏命令甘卓、陶侃领兵攻击王敦的后方。

为了进一步拉拢王导，司马睿下诏说：“王导大义灭亲，请将我当安东将军时朝廷曾经颁发给我的节，交给王导。”除了降尊纡贵地安抚王导以外，司马睿还派遣王导的堂弟，也是司马睿的姨家表弟、左将军王廙前往王敦军中，企图劝说王敦退兵。这当然是司马睿的一厢情愿。

不过，在司马睿看来，我没有杀掉王氏一门，现在最佳的选择是能够说服王敦退兵，这样双方都能体面地下台阶。而能够充当此任的最好人选，非王廙莫属。虽然王廙本人没有什么实际才能，但是他有司马氏与王氏两家的背景。可是，司马睿大大低估了王敦的决心，局势已经到了这个地步，还幻想双方真的能够言归于好，的确有点天真。王廙到达王敦的军营以后，就被王敦扣留不放，反而向王敦透露了建康各处的兵力部署，替王敦出谋划策。

看到王廙迟迟不回，司马睿终于意识到难免一战了。为了鼓舞士气，他亲自穿上铠甲，在建康郊外检阅部队。

五年前杜弢叛乱被平定以后，杜弢的部将杜弘投降了王敦。此时，杜弘也随着王敦一起来到了建康。王敦最初的打算是直接进攻驻守在金城的刘隗。但是，身经百战的杜弘对王敦建议说：“刘隗手下的壮士很多，不容易迅速击败，不如先进攻石头城。周札此人对下属刻薄少恩，部队不愿意为他卖命。我军如果前去进攻他，肯定能够一举攻下。一旦周札被击败，前突在金城的刘隗自然退却。”

王敦采纳了杜弘的建议，任命杜弘为先锋官，率领先头部队，前去攻击石头城。按理说，石头城十分险要，但是在杜弘士兵的攻击下。周札居然大开城门投降了王敦军，石头城被王敦所部顺利占领了。王敦军拿下了石头城，建康的西门洞开，谁都知道攻陷建康只是迟早的事情。

失去石头城以后，司马睿变得又惊又气，举动失常。