他命令京师的所有部队全部出动，发誓要夺回石头城。于是，各路部队开始向石头城发起进攻。刁协、刘隗、戴渊各自率领部队与王敦军接战，均被打得大败。接着，王导、周顗、郭逸、虞潭等悉数出战，也均遭败绩，而建康城能用之兵几乎损失殆尽。太子司马绍听说以后，不禁怒火中烧，想要率领卫士亲自出战。太子中庶子温峤拉着马笼头死死劝谏，说：“殿下，您是国家的继承人，怎么能不顾自身的安危，而不顾天下呢？”抽出宝剑将套马的皮带斩断，司马绍才停了下来。

建康就这样轻易地变成了无防之城。

司马睿失败得有些突然，也有点蹊跷。各种史书对此都是一笔带过，对于当时的细节没有做出过多的描述，这大约出于历史上为尊者讳的传统吧。即便如此，我们也深切地感觉到，当时的建康守军并不卖力，建康民众也是袖手旁观。究其原因，大约是司马睿发奴为兵确实让“士庶怨之”吧！另外，指挥这次战斗的都督王导，本身就不愿意看到己方的胜利，因为如果司马睿胜利的话，也许王氏家族会变得更加危险；反之，不仅能够除掉异己，而且王氏等大族的利益还能得到有效的维护。史书没有透露王导在后面做了什么样的手脚，因此也不好断言。

王敦高居在石头城上，并以此为据点，纵兵大掠建康城。百官全部逃散，只有安东上将军刘超率领部下宿卫宫中，另外还有两位侍中陪伴着司马睿。刘超是琅邪国的故人，对司马睿忠心耿耿。他本来在服父丧中，因为王敦之变，司马睿特意下诏夺情，让刘超赶回。败退以后，戴渊率领亲随百人回到宫中，等待司马睿的下一步命令。刁协、刘隗一起入宫，与司马睿在太极殿的东殿相见。司马睿看到两位忠臣，不禁悲从中来，痛哭失声，劝令二位赶紧各自逃难。

刁协说：“臣当守在此，等待被杀，不敢有二心！”

司马睿看着这位倔强的老人，哭着说：“现在事情太危急了，怎能不逃跑啊！”他命令手下给刘隗与刁协两位大臣准备马匹，让他们各自逃命。

刁协年事已高，骑不了马。如今树倒猢狲散，招募来的随从走到半道，也是一哄而散，逃之夭夭。最后，刁协一人走到江乘，被人所杀，传首王敦。王敦听任刁协的家人将其收葬。司马睿对刁协之死十分痛惜，后来他秘密派人将杀死刁协之人捕杀。刘隗则带领家属、亲随二百多人辗转逃往石勒处，后被石勒任命为从事中郎、太子太傅，后死于石勒的赵国。

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