林彪坠机身亡后，毛泽东需要确保军队领导班子的团结和忠诚。他在林彪坠机之前已经预先采取措施加强了军队对他的支持以防范林彪。例如，1971年8月他亲自视察了华中和华南地区的部队，公开谈到他和林彪的分歧。他还撤换了一些军队领导人，削弱了林彪的势力。坠机事件后，政治局中的四名军队干部，黄永胜、吴法宪、李作鹏和邱会作，被要求在10日内表态与林彪划清界限。其实这些人在几天之内便被抓了起来，直到80年代末才得到释放。

毛泽东撤掉彭德怀后，在1959年依靠林彪团结部队；同样，林彪死后，他也需要有人来加强中央对军队的领导。毛泽东先是依靠在军队中德高望重、从不树敌的叶剑英元帅，他比林彪大10岁，没有权力野心。但是在1973年底，毛泽东开始依靠手腕更强硬的邓小平去处理美中关系时，他也转而利用邓小平帮助他加强对军队的控制。

据说，在中共“十大”后不久，毛泽东为了考验王洪文和邓小平，曾经问过他们，自己死后会发生什么情况。王洪文说，主席的革命路线将会继续。邓小平深知各大军区司令员的权力，他说，可能“天下大乱，军阀混战”。毛泽东认为邓小平的回答更好，同年底各大军区司令员就进行了大规模的对调。

毛泽东在中共“十大”后不久获悉，刚当上党的副主席的军队领导人李德生在林彪还在世时给他写过效忠信。这件事让毛泽东大为震惊，他担心其他大军区司令员也可能与林彪的关系过于密切，于是决定对他们进行调换；为了减少他们调换职位后网罗亲信的风险，他们在调动时不能带走自己的人马。当毛泽东又发现其他军队领导人写给林彪的一些效忠信后，对曾为林彪工作的北京的领导班子愈发怀疑，于是决定把跟林彪没有密切关系的军区领导人调到北京。林彪大权在握时邓小平一直在江西，所以毛泽东知道邓小平不可能和林彪关系密切。他还知道，军队的两个关键领导人——已被调往沈阳军区的李德生和担任北京军区司令员这一最敏感职务的陈锡联——都在邓小平的第二野战军任过职，所以他相信邓小平能够管住他们。

军区司令员大换班后不久，毛泽东宣布他请来了一个军师——邓小平。他要让邓小平担任政治局委员和中央军委委员。用他本人的说法：“我想在政治局添一个秘书长，你不要这个头衔，那就当总参谋长吧。”邓小平一向重实权不重虚名，他客气地谢绝了那些头衔。毛泽东心里清楚，任命邓小平可以让军队上层松一口气，这不仅是因为邓小平在军队中的资历，还因为他们确信邓小平不会进行打击报复。虽然邓小平为了向毛主席表忠心，严厉批评受林彪影响的几大军区司令员，但这些人都是经验丰富的老干部，很清楚邓小平这样做出于无奈。任命邓小平后，并没有明确叶帅和邓小平两人谁排名在前。但两人相互尊重，在与军区司令员开展工作时进行了卓有成效的合作。

在清除林彪对军队影响的同时，毛泽东还在社会上开展了一场批判林彪余党的政治运动。有人发现林彪在读过的书的页边上写有尊孔的话，于是这场批判林彪和另一个被指责有中庸倾向的人——周恩来——的运动，便被称为“批林批孔”运动。运动以1974年的元旦社论作为起点，一直持续了半年。它最初的目标是军队中与林彪关系密切的李德生等人，但是到了1月底，江青开始利用这场运动批判周恩来。除了批林批孔以外，他们还把矛头对准“周公”。周恩来虽然受到伤害，但他度过了风暴。他继续担任总理，甚至主持批判自己的会议，尽管不再让他主持敏感的中美谈判。

当这场运动在1974年8月临近尾声时，毛泽东又变成了胸怀大度的人。他指责“两位小姐”在批周时就像小兵冒充大帅，还批评江青在“批林批孔”运动中做得太过火。他甚至对江青说，不要再整人了，她不代表他的观点。毛还说，她宣称周的问题十分严重、应当叫作党内第十一次路线斗争，这一点是错误的；她说周恩来迫不及待想篡权，这一点也是错误的。

在1974年7月17日的政治局会议上，毛泽东警告江青、王洪文、张春桥和姚文元不要搞“四人帮”。这是他第一次用这个词来称呼政治局常委中的四个激进派。这四个人并不是一个有严密组织和周密计划的帮派，但他们确实扮演着批周的核心角色。

受到批判的周恩来癌症病情加重。为了做手术他于1974年6月1日住进305医院，之后大多数时间都住在医院一个舒适的套房里，直到1976年1月去世。周恩来从1974年初已经开始和邓小平密切合作处理外交问题。当时周恩来已住进医院，但名义上仍保留着职务，在他的亲自指导下，邓小平成了事实上的代总理。邓能回来工作是得益于毛泽东而不是周恩来，但是在1974和1975年，他和周恩来再次紧密合作，就像之前在法国、在上海的地下工作，以及在“文革”之前的北京那样。

邓小平知道毛泽东也要求他与江青共事，他努力做到这一点。但是随着周恩来的身体日渐虚弱，江青开始担心毛泽东想把更多的工作交给邓小平，于是把批判的矛头转向了他。江青的感觉没错，邓小平在党内的地位正在上升。毛泽东日益信任邓小平的最突出的标志，是他选定了邓小平作为第一位在联合国大会上发表重要讲话的中国领导人。