事实上，孙中山、黄兴等人在此问题上一开始就陷于被动地位而不得不有所缓和，如孙中山在《复章太炎函》中说，定都一事，“可俟将来国民会议之。”黄兴也在《复庄蕴宽李书城书》中说，“国都问题当由国会解决，临时政府为暂行统治权之机关。”

从以上表态来看，孙、黄虽有所退让并称由国民会议解决，但仍旧企图造成先定都南京的事实（只是他们所说的“国民会议”究竟谓何？）。

兵变后，袁世凯不再同专使团会面，却不时派人将各地变乱的电报送来，其用意不言自明。强大的舆论压力下，蔡元培等人也觉得局势悲观，他们向南京发去一电，称：内变既起，外人干涉之象既现，无政府之状态，其害不可终日；培等会议数次，全体一致谓不能不牺牲我等此来之目的，以全垂危之大局。

不管袁世凯有无唆使这次兵变，但兵变使局势变得对他有利却是事实。所谓“高手过招，高下立现”，当时南方革命党在政治权术和经验上远不如袁世凯来得老到；在政治、经济、军事的资源上，他们也远不如北洋势力。如此情势，孙中山、黄兴等人即使心有不甘，也只能接受专使团的建议，放弃之前的主张。

1912年3月10日，袁世凯在北京外交大楼（前清外务部公署）中宣誓就任中华民国临时大总统。是日，前清的旧官僚们按前朝惯例，向新总统排班谒贺；南方专使蔡元培等人，本应按南京之命行监督之责，但此刻也不得不杂列其中，鞠躬相庆。

如此结局，岂不让人啼笑皆非！