南方军队多为革命军，北洋军也已不可靠，袁世凯为巩固权力也只能另起炉灶。早在南北议和时，袁世凯即“复活”了他曾经练就的武卫右镇并建立了一支绝对效忠于他的拱卫军，北京兵变后，袁世凯更是加快扩军步伐，这就是后来的“五路备补军”。这支新军队，也可以说是袁任总统时期的“新北洋军”。

按袁世凯1903年提出的三级军校体系，陆军小学毕业生在三年的学科训练后升入陆军中学（分设于北京、西安、武昌、南京），两年后送入保定军官学堂。武昌起义后，据南返参加革命的保定军校生万耀煌回忆，保定军校完全采用日本教范，内务之整齐清洁、动作之灵活迅速，可与日本士官学生媲美而无愧色。但革命之后，各省所办的陆军小学和四所陆军中学即停止招生，成为历史的遗迹。硕果仅存的保定军校则保持了清末的高水准，其正规性及训练水平远在之后的黄埔军校之上（黄埔军校实则是六个月甚至六个月都不到的短训班）。

军校停办的同时，那些耗费巨资培养出来的军校毕业生只能自寻出路。据李宗仁回忆，陆军小学在革命后改成了陆军速成学堂，但速成学堂的管教远不如陆军小学的严肃，学风也不若陆军小学的淳朴。举例而言，“在陆小时代，全校上下可说绝无‘吃花酒’或狎妓情事，可是速成学校内却常有教官前往桂林的‘花区’所在地警洲的妓院内宴客和‘吃花酒’。俗话说得好，‘上梁不正下梁歪’，于是同学中也有于假期内易服狎游的。……清末厉行新政时，朝廷中一部分大员和各省少数封疆大吏，可能是敷衍门面，缓和舆情；然下级办新政的人物，都是受过新式教育的人，的确生气勃勃，有一番新气象。不意革命之后，这种欣欣向荣的气象反而消失。以前的所谓新人物，现在大半变成旧官僚；以前的新政机构，现在又都变成敷衍公事的衙门。”令人啼笑皆非的是，品学兼优的李宗仁在毕业后居然失业，直到护国战争爆发，他才觅得机会再度从戎，最终由一个小排长成长为一代名将。

澳大利亚历史学家冯兆基在《军事近代化与中国革命》中说：新军主要是被辛亥革命瓦解的，一旦清皇朝覆灭，新军就成为麻烦的根源。新军在内战时期大大扩充，以致对尚未充分建立起来的新秩序构成了严重的威胁。冯认为，以身体素质论，内战中招收的新兵在清末不可能被招收进来，“他们大量应募入伍成为对军事改革的一种否定”；而1911年后，中国陆军迅速堕落，所谓军队已沦为地方军事将领的“私家军队”，“晚清改革家们竭尽全力去改善的军人社会形象，至此已黯然失色。”