在黄河流域长期战乱的刺激下，坞堡组织迅速发展。所谓坞堡组织，是以宗法血缘关系、乡党关系为纽带实行聚族而居的具有耕以自存、战以自保性质的半独立地方社会自治组织。在五胡十六国时期，坞堡组织的规模迅速膨胀，前秦时仅关中地区就有此类组织3000余处。

坞堡组织成为北方独立于州县体制之外的社会基层组织，使政府与社会间出现脱节，政权必须获得坞堡组织的支持才能保持有效的社会控制。北方各割据政权的军事力量虽然可以轻而易举地摧毁任何一个坞堡，却无法逐一削平散布各地的数以千计的坞堡组织，因而不得不满足于坞堡组织慑于其武力威胁的表面服从。而当其军事实力削弱时，坞堡组织即重新自行其是，各割据政权对地方的统治也就马上全面崩溃了。五胡十六国政权普遍存在骤兴骤亡的特点，未能很好地解决坞堡组织问题是重要原因之一。

由于坞堡组织的存在，分割了本应隶属于国家的土地和人民，严重影响了国家的税收，并使国家和社会脱节。孝文帝的一系列改革政策，或多或少都是为了彻底摧毁坞堡组织在地方上的势力，将国家对社会的控制贯彻到最基层。其中最重要的、相互配合的三项政策是均田制、租调制和三长制。

为了保证国家的赋税来源，孝文帝于485年颁布均田制，按一定标准，授予所有年满15岁的男女一定数量的土地，使之能够摆脱世家大族的控制，成为国家统治下的小自耕农。与均田制相配合的是租调制，规定：获得土地的农户，除成年男子负担出征、镇守等兵役，以及其他一些劳役外，一夫一妇每年要交纳帛或布1匹，粟2石。这也才是均田制真正的意义之所在——使国家可以从自耕农阶层获得稳定的劳役和税收。

在推行均田制的第二年，孝文帝又正式确立了三长制为北魏的基层政权组织。规定：五家为邻，设一邻长；五邻为里，设一里长；五里为党，设一党长。此为“三长”。“三长”的职责是，检查户口、征收租调，征发兵役与劳役。可以说，三长制是均田制、租调制得到贯彻的保障。这些措施的核心无疑在于培育掌握在国家手中的自耕农阶层，摧毁坞堡组织、世家豪族对平民的控制，是国家与世家在争夺劳动力。

与此同时，孝文帝也对北魏的中央官制进行了改革。他重用来自南朝的王肃，参考魏晋南朝的制度，对北魏的官制、军号进行改革，使北魏政权组织进一步汉化。在任用官吏时，赏贤任能，重视汉族人才，凡有才能的人，不论其出身、民族、门望和地域都可以得到重用。提高了官员队伍的素质和政府的工作效率。