“我夜复一夜地在白宫徘徊直至子夜。我不怕难为情地告诉你们……我不止一个晚上双膝跪下祈祷万能的主，赐给我光明和指引。终于在一天晚上，时间已经不早的时候，我受到这样的启示——我不知道它是怎么回事，但它的确就这样来了……（1）我们不能将他们交还给西班牙人……（2）不能将他们移交给我们在东方的商贸竞争对手法国和德国……（3）我们也不能放任不管，因为他们不适合拥有自己的政府……（4）我们只有将他们的一切接管下来，对菲律宾人进行教育，提高他们的水平，使其开化并使他们成为基督徒。我们借上帝的仁慈倾力而为，也借着他们自己，和我们一样，基督也同样为这些人受死。”

正如麦金莱的描述，兼并就是天意强加给美国的一个推诿不了的责任。如此虔诚的召唤无疑引起了公众广泛的共鸣，然而美国政治精英层所作的占领菲律宾的决定，并不是那么带有传教色彩，它更多的是出于军事和经济利益方面的考虑。

由艾米里奥·阿圭纳奥多领导的反抗美国吞并的叛乱随着《巴黎条约》相关条款的出版迅速爆发。该条款中，西班牙将菲律宾以2 000 万美元的价格转让给美国（差不多与美国购买得克萨斯、加利福尼亚和其他一些墨西哥割让的领土总额相当）。美国最后为菲律宾群岛所付出的还不止这些。在三年的时间里，美国派驻菲律宾的部队人数从1.2 万人上升至12.6 万人。尽管阿圭纳奥多于1901 年3 月被捕，战争也于1902 年7 月正式宣布结束，但在此后的数年间，在一些岛屿上仍不乏断断续续的小的抵抗活动。这并不是一场打得酣畅淋漓的战争，也不是美国军队喜欢打的那种平民和士兵真假难辨的丛林游击战。高级军官们很快采用了极其严厉的军事措施。陆军准将雅各·H·史密斯命令他的手下在萨马岛上格杀勿论，不留活口——这是一个违反战争法的命令——并补充说道：“我要你们烧、杀，烧得越多，杀得越多，我越开心……我要所有那些有能力持枪反抗的人都被杀光。”战役结束之时，已有超过4 000 名的美军服役士兵阵亡，超出与西班牙作战牺牲人数1 000 人。大约4 倍于此的菲律宾人死在这次军事行动中，就更不用说因为战争导致的饥饿与疾病所造成的死亡。与此同时，一名来自俄亥俄州的法官——威廉·霍华德·塔福特被任命负责一个5 人组的民间专委会，力求通过为当地建造学校和改善当地卫生条件来拉拢菲律宾人，正如其中一位专员率直的言论：“美国主权是……菲律宾人自由的另一个名字。”仅仅战争本身就使美国付出了6 亿美元的代价，而战后的重建工作又会产生多大一笔账单呢？

然而，比起这件事情的本身原则来，战争的花费并非是引起最初国内对菲律宾战争一片反对声的原因。我们当然不能够想象“反帝国主义者联盟”会代表大多数投票人出来说话，但是它的会员中包括两位前总统：格罗弗·克利夫兰和本杰明·哈里森，12 名来自两个党派的议员，8 名克利夫兰内阁的前部长，更不用说百万富翁、大实业家安德鲁·卡内基了。同盟有足够的支持而将菲律宾的独立作为民主党1900 年政纲的一部分。并且它还拥有当时最具影响力的美国作家马克·吐温的支持。