马克·吐温是未来反战知识分子的先行者。1898 年，在写给他一个朋友的信的开场白中，他欢迎将菲律宾从西班牙人手中“解放出来”，“为自己的自由而战是一件很有价值的事情，为他人的自由而战则更加值得受人尊敬。我想这么做在世界上还是第一次。”但是1900 年10 月当他仔细阅读《巴黎条约》之后，他认为：“我们并不是打算解放菲律宾人，我们不过是想要征服菲律宾人而已……我是一个坚定的反帝国主义者，我反对这只自由之鹰将爪子伸到别人的土地上去。”吐温的声音被压制了。《哈泼斯》杂志拒绝发表他的短篇故事《战争祈祷》。故事里有一位年迈的陌生人在教会公众前说着如下的祷词：“哦，上帝，我的父，我们心中的偶像，年轻的爱国者们奔赴战场——愿你与他们同在!……哦，神啊，我的上帝，请帮助我们的炮弹将敌人的士兵炸成血淋淋的碎片，帮助我们使他们美好的土地尸横遍野，覆盖着他们国家爱国者苍白的躯体……帮助我们以无尽的悲恸折磨他们的无辜寡妇的心；帮助我们将他们赶出去，与他们的小孩一起无家可归，在他们一片废墟的荒芜土地上无依无靠地过着流浪生活。”私底下，吐温曾将麦金莱形容为将美国军队“以一把可耻的步枪在一面肮脏不堪的旗子下作战”的那个人。他还建议“将所说的旗子的白色条纹绘成黑色的并且将旗子上的星星由头骨和肋骨交叉的图形来替换”。他的批评很有影响，反战者并不需要博得大多数人支持才能破坏为战争所作的努力。虽然民主党人没能成功阻止国会通过兼并法案，且他们的总统候选人也被麦金莱所击败，但是民主党控制的新闻媒体中反对兼并的声音却是令人印象深刻的。而对史密斯将军和利窦顿·W·T·华勒上校下令立即处置菲律宾囚犯这一罪行的揭露，也给予反战人士一个等待已久的为难政府的良机。为了确保1900 年的竞选胜利，麦金莱只能全面疏远帝国主义。

副总统西奥多·罗斯福曾经将菲律宾人比作是阿帕奇印第安人，将阿圭纳奥多比作酋长希丁·布尔。麦金莱被刺杀后，罗斯福被推上了总统宝座。他私下里承认，巴不得早点儿从这场美国式的“布尔战争”中退出，但他仍急于在菲律宾创建至少一个民主的表象。由《体制法案》形成的全国立法机构的首次选举中，下议院的80 个席位中产生的58 名下议员都是曾经参与过独立运动的民族主义者。不到十年的时间里，所谓的《琼斯法案》（1916 年）被批准，一旦“能够建立一个稳定的政府，就将准许菲律宾群岛独立”。然而，并不是民族主义者的压力就能够决定这个日子何时会来，也不是说准许菲律宾独立的决定就是对美国本土部分地方原先的兼并做法进行完全否定。促发菲律宾独立的决定性运动，实际上是由国会内部部分议员结成的联盟所发动的，几乎完全都是出于对他们自身利益的考虑：糖业、乳业以及棉花行业的生产商们要将菲律宾的蔗糖和椰油排挤出美国市场之外，与商会会员密切勾结，迫切要求产生反菲律宾工人的移民限制。实际上，1933 年美国曾向菲律宾提供一个独立提议，但条件太苛刻，菲律宾的立法机关拒绝接受它。虽然1934 年的泰丁– 马克杜菲法案不那么带有惩罚性——为未来美军在岛上的军事基地的合法性留下了可以商榷的余地——但其中经济方面的条款基本上还是保持不变。独立将意味着对菲律宾产品定向强征美国关税，对此时3/4 出口产品完全依赖美国市场的菲律宾经济而言，无疑是一个巨大打击。1946 年独立最终到来之时，菲律宾人已没什么可以庆祝的了。

也许以失败来定义美国对菲律宾的统治的确太过严苛，但这肯定与富兰克林·罗斯福后来取得的成功相去甚远。除了菲律宾人被排挤出美国市场所面临的经济上的窘境之外，美国统治菲律宾的战略利益并不重要。首先，美国对亚洲宏伟的经济渗透计划连一半都没有实现，而这个计划正是美国建立跨太平洋军事基地的目的所在。其次，当日本1941 年12 月发起对美国的军事挑战时，美军从珍珠港到苏比克海湾的军事基地都被证明是非常容易受到攻击的目标。