观测到的许多星系在哈勃星系序列中都找不到合适的位置，无法将其分类为椭圆星系或旋涡星系。这些星系被称为不规则星系，它们没有对称结构，或者根本就没有任何结构可言。不规则星系没有核球，尽管有时它们看起来是某种结构的残余（I型不规则星系），但仍不足以凭此将它们纳入哈勃星系序列。II型不规则星系则根本没有任何结构。

不规则星系很少有对称特征。其质量从10万至1000万个太阳质量不等，尺度范围为一千至几十万光年。

在早期哈勃的原始分类中，通常把所有既不是椭圆星系也不是旋涡星系的星系都归到不规则星系里，但今天更通常的做法是进一步将这些星系区分为“正常”不规则星系和特殊星系，后者具有异常的形状、大小、结构和成分。大多数特殊星系都因与其他星系相互作用而被潮汐作用扭曲发生形变（见P89)。通常它们以形变后的面貌成对出现，从星系主体向外拖曳出恒星和气体尾。

20世纪60年代，美国天文学家哈尔顿·阿普（Halton Arp）将举世闻名的帕洛玛5米望远镜对准了338个相互作用的特殊星系，获得了天文学史上最值得纪念的大批图像。他卓有成效地把这些星系编目为《特殊星系图集》，是试图揭开地基望远镜观测到的形状奇异星系奥秘的先锋之作（更多关于阿普的介绍详见本书第3章）。

今天的天文学家充分理解了阿普观测到的星系的奇特性质，这些奇异的结构是由星系间碰撞并合的引力之舞创造出来的。