然而，工程的极其紧迫性和缺乏计划性不可避免地给囚犯造成大量痛苦。随着工程的进展，新的劳动营营地必须沿着运河的河道修建。抵达每一个新的营地时，囚犯和移民都会发现那里一无所有。开始干活儿之前，他们必须搭建自己居住的营房，还得组织安排食物的供应。与此同时，在他们完成劳动任务之前，卡累利阿的严冬夺走人们性命的事情时有发生。据一些人估计，死亡的囚犯超过了两万五千人，虽然这个数字还不包括那些因患病或事故而获释的人，他们在获释之后很快死亡。一位名叫А.Ф.洛谢夫的囚犯写信对妻子说，他竟然渴望回到布特尔卡监狱那苦难的深渊，因为在这里，他不得不睡在拥挤不堪的铺位上，以至于“如果你在夜间想要翻个身，至少另外四五个人也得一块儿翻”。一个小男孩后来的证词甚至更加令人绝望。这个小男孩是一名富农移民的儿子，与全家一起流放到沿着运河建立的定居点之一。他作证说：

我们最后住进一个设有两层铺位的营房。因为我们家里有小孩子，所以得到一个下层的铺位。营房狭长而寒冷。一天二十四小时生着炉子，幸亏卡累利阿木柴充足……我父亲以全家的名义领到三分之一桶浅绿色的汤，这是给我们吃的主要食物，浑浊的汤里飘着两三个青番茄或一根黄瓜、几片冻土豆，还有一二百克大麦粒或鹰嘴豆。

另外，这个小男孩回忆说，他父亲参加为移民修建新房子的劳动，因此领到六百克面包。他姐姐领到四百克。只能靠这些食物解决一家九口的吃饭问题。

当时，像后来一样，一些问题在官方的报告中有所反映。在一九三二年八月举行的一次白海-波罗的海运河劳改营共产党基层组织会议上，出现了对食物配给组织不力、厨房脏乱以及坏血病病人不断增加的抱怨。这个基层党组织的书记悲观地写道，“我毫不怀疑，运河将无法按时竣工……”