乾隆五十二年（1787年）十月，乾隆皇帝钦命皇后的侄子福康安在湖广、贵州、广西、四川等地调集十万精兵，渡台作战。驻台清军趁机反扑起义军。由于敌众我寡，起义军大本营大里杙庄失陷。林爽文退守内山，与清军决战。乾隆下旨严令福康安务必对起义军斩尽杀绝。乾隆五十三年（1788年）正月四日，起义军大元帅林爽文与副元帅、军师、大都督等高层四十多人被俘，福康安即派亲兵将林爽文等装入木笼押解到北京。二月五日，福康安击败南部起义军，拿获庄大田等首领。至此，天地会的第一次大规模起义失败。

自乾隆开始，天地会汇集农民、游民，其中不乏身怀武功之人，成为与清朝政府对抗的民间力量。嘉庆以后，天地会遍布台湾、福建、广东、广西、浙江、云南、贵州、湖南、江西、江苏、新疆等地。在清廷的高压政策下，天地会又以添弟会、小刀会、三点会、三合会、仁义会等名目出现，而且明确提出“反清复明”的口号。

以至于到了清末，资产阶级革命先驱孙中山依托天地会力量，改组洪门，成立兴中会、同盟会，洪门成为辛亥革命的重要力量。孙中山于1903年在美国檀香山加入洪门致公堂，被封为“双花洪棍”（双花洪棍即有权号令或刑罚的元帅）。其后孙中山领导的辛亥革命得到海内外洪门的大力支持，洪门弟子追随孙中山参加各次起义，前赴后继；海外华侨大多加入洪门，捐款不计其数，所以孙中山说“华侨乃革命之母”。1912 年2 月15 日，清帝退位三天后，孙中山一身戎装携南京临时政府官员谒祭明孝陵，拜祭明太祖，意思是告诉先人河山已经重光，反清的使命已经实现。

当年清朝为追查天地会的根源，掘出天地会首倡人万提喜的尸骸，而在一百多年后，天地会的继承者却成为封建王朝的掘墓人。历史的进程竟如此耐人寻味，正如同孙中山所说：“世界潮流浩浩荡荡，顺之则昌，逆之则亡。”