1616年，努尔哈赤宣布建立金国，自称为“天命”汗。两年后，在喀尔喀部蒙古人的支持下，他做好了进攻明廷的准备。他列举了对明朝的“七大恨”，包括他父祖的被杀、明廷支持叶赫部反对他、汉人获准屡屡侵越他的国界，以及明廷派一低级使臣前来，等等。这种公开宣扬怨恨的行动，实际上是一种封建式的宣战。努尔哈赤迅速推进到汉人居住区的边界，攻取重镇抚顺，俘获了一名汉族士人范文程，此人改换门庭，成为他和其继承人的心腹谋士。

明廷遣辽东经略杨镐率九万士兵攻击努尔哈赤，但在抚顺以东的萨尔浒遭到惨败。歼灭明军主力后，努尔哈赤乘胜进击抗命不遵的叶赫部，于1619年9月征服了该部。在随后征讨明朝的战役中，努尔哈赤于1621年5月攻占了重镇辽阳和沈阳。稍后，在1625年，努尔哈赤将他的首都迁到了沈阳旧称奉天。。一年后，处在胜利顶峰的努尔哈赤率军猛攻宁远。明军守将袁崇焕用耶稣会传教士铸造的大炮一举击退了入侵者。这是努尔哈赤一生中的第一次大败，他的尊严比身体所受的伤害更重；他于七个月后去世了。

努尔哈赤的第八子皇太极（1592—1643年）继承了父亲未竟的事业，首先进攻朝鲜以巩固后方，并强迫朝鲜人每年进贡银子；然后转向明廷，率军在喜峰口突破明朝的长城防线进抵北京，沿途大肆掳掠，带着丰厚的战利品返回沈阳。1631年，皇太极在沈阳按明廷的模式，建立了一套六部制的政府机构，因而大大推进了从八旗式军事管理向汉式行政机制发展的制度转变。不过，六部的结构与明朝体制有所不同——诸部不像明廷那样设尚书或侍郎。各部名义上都隶属于一名满洲亲王（贝勒）的管辖，这些亲王通常都效命疆场而不去诸部理事，部务便留归三至五名副手（承政）实际主持，副手中包括蒙古人和汉人各一名，但刑部例外，它设有两名汉人承政，可能是因为该部更需要由有经验的汉人来处置复杂的司法事务。由此便萌发了满—汉二元体制（或更确切地说是满—蒙—汉混合体制）的根源，该体制是268年里清朝行政机制的一大特点。

满洲和清的含义皇太极听从汉人僚属的建议，于1635年禁止使用“女真”和“建州”的称呼，代之以“满洲”一词。1636年5月14日，改王朝的名称“大金”为“大清”并称帝。皇太极显然想清除任何会让人联想起中国宗主权的痕迹，并且掩盖女真诸部曾是明朝藩属的地位。

“满洲”一词的起源颇有趣味。按乾隆皇帝的说法，“满洲”是汉语对满语“满珠”的讹译，而“满珠”是女真国家一开始就用的古老名称。萧一山，第1卷，第49页。加州大学洛杉矶分校的陈观胜教授告诉我“满洲”源自梵文“文殊”一词，意为“妙吉祥”。感谢他提供这个资料。著名日本学者稻叶岩吉同意这种解释，并进而认为“满珠”在女真人、藏人和蒙古人中是一种尊贵的封号。稻叶岩吉（中译本），第18章，第58－61页。另一种解释是，“满洲”源自一个发音相似的佛教词语“曼珠”，其意是“妙吉祥”，该词出现在藏传佛教典籍中，而这些典籍传到了女真诸部。第四种解释颇有点神秘：称“满洲”源自努尔哈赤尊号“满柱”的第一个字和“建州”的第二个字“州”加上三点水偏旁形成的“洲”。这些词——“满洲”和“清”——都包含三点水偏旁，是根据阴阳五行原理精心设计的。“明”朝的意思是“光明”，而其帝室所姓的“朱”则是“红色”的意思。“光”和“红”的形象组合便是“火”，火能熔化“金朝”的“金”。因此，不吉利的“金”字必须改掉。而新创的“满洲”和“清”等含三点水偏旁的词，则可预示将来水扑灭“明朝”之火的吉兆。李方晨：《中国近代史》（台北，1960年），第16页。