为赢得汉人的拥护和信任，多尔衮大肆渲染地为明朝的皇帝和皇后发丧，并盛词赞扬那些在动乱中丧身的明朝官员。他声称满洲人是前来灭流寇安天下的，部队在吴三桂和几位满洲将领的统率下前去追击李自成，李自成在1645年6、7月间殒命，据称他是在湖北省寻找食物时遭乡民所杀。另一个起义军首领张献忠，1647年在四川被清军打败，张本人被击毙。这样，坚持几达二十年之久的两支农民起义军队伍终于被镇压了。

尽管满洲人曾宣称进入中原，是为了报明帝殉难之仇并除暴救民，但他们的动机显然并不是那样崇高无私。满洲人巧妙地为自己占领北京一事辩白，称他们是从“叛匪”那里光复了该城而不是从明朝统治者手中抢夺过来。1644年10月，清廷从沈阳迁至北京，标志着一个新王朝的开始——这个王朝一直延续到1911年。清朝的第一个皇帝是福临，按避讳君主个人名字的做法，其年号为“顺治”。政务大权掌握在摄政王多尔衮手里，他决定国家的大政方针，领导征服中国的未竟之业。

2.2 南明抗清运动

尽管满洲人在北京建立了朝廷，但中国南部地区仍掌握在忠于明朝的人手里。1645年，这些大明遗臣在明朝的南都——南京立福王为帝，坚持抵抗。然而，福王却是一位昏君，怠于政事，一味追求享乐。

其他几场各不相属的抗清运动继续坚守明朝基业。一帮大明遗臣在绍兴立鲁王为新的领袖，而另一帮人则在福州拥立了唐王，这两位王爷是叔侄关系，但却水火不容，最后这两人都被清军击败。及后，另外一帮明朝遗臣在广州拥立唐王之弟（即所谓的新唐王）为帝，但他的统治只延续了40天（1646年）。随着这些抗清运动的失败，由万历帝（1573—1619年）之孙桂王领导的一个较为稳健的新政权开始在广东省的肇庆登场亮相了。到1648年时，桂王成功地恢复了对南部和西南部七个省的控制，但在那些与满人合作的汉人之合围猛攻下，这场运动最终也垮台了。

在上述几场抗清运动迅速地潮起潮落之际，大明忠臣郑成功（1624—1662年）在沿海地区组织了一场更为持久的抗清斗争。郑成功，也名“国姓爷”，其父郑芝龙一度是唐王的支持者，而母亲则是日本田川家族的女子。唐王对年轻的郑成功非常赏识，1645年赐他姓“朱”；此后他便以“国姓爷”之称闻名遐迩，荷兰人则由此变音称他为“Koxinga”。唐王待他亲如帝室同宗，1646年初敕封他为伯爵及抗清“招讨大将军”。为报帝皇眷遇之恩，国姓爷矢志终身效命明朝。然而，在1646年后期，他的父亲叛降清廷，从而使清军得以经捷径进攻唐王。国姓爷憎恶其父的行径，宣誓终生忠于桂王。他集结几千名部属攻占了厦门和金门，以此作为抗清根据地。1655年初，他完善了军政机构，在福建分所属部队为七十二镇，并建六官分理国事，属下总兵力达10—17万人。国姓爷庇护诸多前明士大夫，并且从事对外贸易，为抗清活动筹措资金。