制度方面，他做了两项创新：一是创立储位密建法，以防备有人篡改皇位继承程序。继位者的名字被藏于一密匣内，密匣则置于悬挂在乾清宫大殿前的一块大匾额背后。建储的密旨另备副本藏在其他一些安全的地方，以备大行皇帝驾崩时勘对储选真伪。这项措施一直到清朝末年仍在施行。另一个是1729年在征讨厄鲁特部期间，为协助皇帝起草谕旨及提供军政大计决策，成立了军机处。军机处起先有三名成员在宫中办公，以便随时应对。这样一个紧凑的小班子能迅速作出决定、提供快捷咨询且高度保密。由于效率卓著，军机处在战事结束后仍保存下来。它夺走了内阁大学士的职权，大学士的权力降低到仅处理一些日常事务。

军事及外交事务与康熙朝相比并无多大变化：来自厄鲁特人和俄罗斯人的双重威胁依然存在。与俄国的《尼布楚条约》没有议定西伯利亚与外蒙古之间的边界，而厄鲁特部领主策旺阿拉布丹与俄罗斯人之间的交往，再次使清廷担心起他们之间的密谋。雍正继承父亲离间蒙古与俄罗斯人的政策，急于通过一项新的协议来解决与俄国之间所有悬而未决的问题。由此签订的1727年《恰克图条约》为中国争得了一条蒙古与西伯利亚之间的明确边界，而俄国则获得了介于上额尔齐斯河与萨彦岭之间及贝加尔湖以南和西南的近四万平方英里领土。此外，俄国又取得了一些贸易特权，并获准在北京设立一座教堂。

在解决俄国问题后，雍正对厄鲁特部发动了征剿。但在此期间，俄国方面发来照会，控诉蒙古人在边境的侵袭行为：蒙古匪帮一直劫掠马匹、骆驼和牛羊。由于雍正不想中俄关系受到破坏，并希望俄国保持中立，于是在1729年派遣一位叫做托时的侍郎率使团出访俄国——这是中国派往“西方”国家的第一个正式使团。使团名义上的使命是前去祝贺沙皇彼得二世加冕，但托时抵俄后获悉沙皇已死，新君是彼得大帝的侄女伊凡诺夫娜（Anna Ivanovna）。1731年1月托时抵达莫斯科，受热烈招待。他向俄国宫廷提议，如果中国的征剿迫使厄鲁特部人逃入俄国境内，俄国政府应将其部领主及王公贵族引渡给中国，但可扣留其部民及约束彼等不要骚扰中国；

中国将割让部分从厄鲁特部那里攻占的领土给俄国作为报偿。俄国政府不作承诺，只说等问题出来时再讨论引渡事宜。尽管这次使命没有获得什么具体的成果，但事情很快就明朗起来：其时正卷入波兰王位继承战争的俄国无意援助厄鲁特部。派去征讨厄鲁特人的清军一开始被策旺阿拉布丹（死于1727年）之子噶尔丹策零打败，但清军于1732年在光显寺（即额尔德尼昭）一役中获胜，从而取得一项不致大损中国威望的和议。

雍正经常被人指责过分独裁专制，尤其是大兴文字狱。有一场著名的文字狱案牵涉了吕留良，他被告发写了一部排满书籍，宣扬华夷（即满人）畛域之异。吕留良被处以“凌迟”极刑，其子及诸弟子均斩首。雍正皇帝甚至亲自写了一篇议论，《大义觉迷录》。为满清在中国的统治作辩护，并警告汉人鼓动种族悖乱将造成的危险。