战争到来了，南街关于战争的话题也变得火热起来。随着英国和拿破仑的战争逐渐达到高潮，强行征用美国水手的步伐也在加快，英国皇家海军根据《枢密令》扣押美国船只的野蛮行为也在升级。 1811年，美国总统号军舰（President）与英国皇家海军的小贝特号（ Little Belt）交火，工人们在纽约海港修建了一系列的防御工事。 1812年 2月，麦迪逊总统再次禁止从英国进口货物。 6月18日，国会向英国宣战。

战争一度显得进展顺利。美国庞大的小型驱逐舰（装配有 44架机枪，而英国的标准配置是 38架）与传说中的英国皇家海军交战，获得了一部分规模较小但激动人心的胜利。 1813年 1月 1日，美国舰队得意洋洋地带着被俘虏的马其顿号（ Macedonian）驶入纽约港，无数的人在港口欢呼迎接。在战争爆发的最初两年内，科尼甚至还得到了额外的工作机会。英国人对美国港口进行了封锁，沿海商船的主人们害怕在沿着新泽西州海岸航行时被抓住，因此货物开始从纽约往南走，经过科尼熟悉的曼哈顿与史坦顿岛之间的路线，一直到达亚瑟水道（ Arthur Kill）和范库尔水道（ Kill Van Kull），那时，英国的舰队尚未进入那块地域（货物从陆路穿过新泽西州，然后沿着特拉华河受保护的水域而行）。单单 1813年一年，就有大约 1 500架四轮马车沿着这条路线来回运货，为纽约的船夫提供了充沛的工作机会。

但总体而言，1813年，美国不管是在军事方面还是商业领域都遭到了挫折。 5月，英国皇家海军加强了封锁，甚至有一支突袭队在桑迪胡克登陆。当时的加拿大尚是英国的殖民地。在美加交界的边境线上，美国军队扭转了战争局势。美军 9月 10日在伊利河上大胜英国舰队，这难得的好运让纽约市上下欢欣雀跃。市民在 10月 4日举行了庆祝活动，家家户户的窗口都点亮了蜡烛，乐队在市政厅的阳台上进行表演，停泊在港口的炮艇上悬挂着五颜六色的灯笼，火箭式空中大烟火照亮了整个夜空。

据说在这段时间内，科尼无比勇敢，技术极其娴熟，而且在竞争中毫不畏缩。在一个吹捧他的故事中，他受雇将部队士兵从里士满港运送到曼哈顿。一艘竞争者的船只与他并排行驶，一位军官从那艘船来到科尼的船上，要求所有士兵到另一艘船上“接受检查”。科尼深信这是抢生意的诡计，因而拒绝让士兵离开。军官大怒，拔出了自己的佩剑。而男孩科尼用手肘向军官的脸上扫去，抓住他瘦小的身体，把他丢回到了那艘船上，然后继续驾驶自己的船只前行。

这个故事描述了一个狡猾和好战的年轻人形象，而他的这些特征在后来尽人皆知，因而当故事在数十年后传开时，没有人对此表示怀疑。而其他故事就显得更为可疑了。一个故事称，英国皇家海军在 1813年秋天企图穿过海港的外围防御工事，小规模的战斗已经爆发，一场暴风雨横扫了整个海湾，里士满港的司令官认为必须紧急通报纽约总部。司令官对科尼的声誉有所耳闻，便派人去找他。当他询问船只是否能穿越这场风暴时，那个年轻人回答说：“可以，只要操作得当。”并且补充说：“部分路段必须在吃水线以下航行。 ”结果，他取得了成功。

之后不到五年，科尼又成功穿过另一场风暴，新闻媒体对他的技巧和胆量进行了报道和证实。但那个故事并不完全真实。一方面，英国海军并未在1813年袭击纽约；另一方面，科尼当时仍然是个男孩子，驾驶的船只在法律意义上属于其父亲，而且纽约港到处都是技术娴熟的水手，要说他的名声超出了其他水手，这一点让人难以相信。应该说，当时的他正在努力摆脱父亲的影子，开始树立自己的声誉。