到 1813年，他开始采取行动，让自己最终成为独立的船夫。第一步，他用辛辛苦苦攒下来的钱在新泽西州订制了自己的帆驳船。周日，他常常带着自己追求的对象索菲娅·约翰逊（ Sophia Johnson）驾船沿着帕赛克河而上，去造船厂检查所订购船只的建造进度。索菲娅是他的骄傲，也是他的梦想之一。当时，他有两个梦想，一个是船，另一个就是索菲娅。一位 19世纪的作家称这位恬静的女性“可爱动人、勤劳刻苦”，这也暗示她最初只是一位普通的佣人。对于年轻的科尼来说，不管是她的可爱动人还是勤劳刻苦，都没有她的无名指重要，因为婚姻是他独立门户所必需的第二个步骤。

在找个新娘结婚方面他并没有费太大的力气。索菲娅是他的表妹，父亲的大姐埃莉诺的女儿。后来一位传记作家曾称，“她身上所体现出的范德比尔特家族的特征比科尼本人更为强烈。”她同样也来自一个大家庭，所受教育不多。她就在里士满港附近长大，和科尼可谓是青梅竹马。考虑到科尼的工作性质，大家肯定会怀疑他是否还有机会遇到其他女孩子。但据说，当他提出要娶索菲娅为妻时遭到了母亲的反对，主要原因就在于，科尼结婚后，他收入的一部分将不会继续上交，母亲也就无法再坐享其成了。

对科尼来说，这也是他结婚的一个重点。我们永远无法知道他究竟有多爱索菲娅，究竟从经济上有多么需要她。 1813年 12月 19日，两人结婚，并在之后搬到了在渡船码头租的一栋小房子里。在那里，他们开始了二人世界。一年后，索菲娅生下了第一个孩子；之后几周内，她的一个妹妹也到家中帮忙。这只是她此后生育众多小孩的开始。在最初的日子里，索菲娅的勤劳和节俭给了范德比尔特极大的帮助。但传说他常常与精明的母亲一起探讨自己的计划，这让妻子对他的想法摸不着头脑。他甚至坚持要索菲娅将自己的第一个孩子取名为菲比。