科学补习所作为革命团体虽然只存在了短短数月，但它有着自己鲜明的特点。

科学补习所的骨干虽然几乎都是知识分子，但他们主动投身于新军的行伍，注重策反新军的工作。新军不同于八旗、绿营和练勇，它在相当程度上采用了西式军队的编练方法和军事技术，官佐和士兵都需要一定的文化知识。湖北地方的革命知识分子面对着张之洞庞大的洋务集团，这个集团不仅对当地民族资本处于压倒的优势，而且还控制着当地的新兴文化事业——学堂、报纸、书局等等，洋务事业吸收了不少学堂出身的知识分子。这种情况，使得这批革命知识分子把目光聚焦在策反新军的工作上面。科学补习所将注意力投向新军营伍是他们的创举。此前，革命党人也是非常重视运动军队的，不过他们或者只依靠会党在旧军中活动，或者只联络上层军官，或投身军校以图谋取要职，只有科学补习所的成员亲身入营当兵，甘愿直接投身到军队下层去做十分艰苦持久的革命宣传工作和组织工作，奋力将清政府培养的社稷干城改变成自己的掘墓人，这样，就打开了一条新的获取革命武装力量的通路。这一创举虽然因补习所活动短暂未见效果，但在随后武汉地区的革命活动中，却日益显示出其重要的意义。辛亥革命所以能在湖北首先取得成功，应该说，是同科学补习所和日知会中的革命党人的这种长期、深入的宣传、鼓动与策反工作是分不开的。

李春萱在《辛亥首义纪事本末》中曾把科学补习所的意义归纳为三点：

1．提倡知识分子投军，为以后运动新军革命打下了基础。

2．联合湘、鄂两省，易使革命运动迅速展开。武昌、长沙交通便利，武昌又为两省文化中心；科学补习所首与湘省联合，为两省以后开辟了联合的道路。

3．会党不受约束，容易坏事。湖南兴中会失败，给予革命党人以极大的警惕，以后湖北革命党人便把注意力集中到了策动新军的反清上面。