当华兴会和科学补习所在两湖地区积极开展革命活动的同时，浙江地区的革命党人也在积极联络会党，加紧策划反清革命的活动。

以蔡元培为会长的光复会就是东南地区反清革命的主要团体。

光复会成立的基础，是留日的浙江籍学生。

1903年10月，在东京的一批浙江籍的留学生、浙学会会员聚集在《浙江潮》编辑王伟人的寓所，商讨组织秘密的革命团体，决定用暴力发动武装起义。他们认为，应该先选择湖南、安徽或浙江一省，实行武装占领，作为根据地，再逐渐扩大。最后认为要另组一革命团体，应邀请浙江志士。这是光复会的最早发端。

1903年9月上旬，蔡元培自青岛返沪。10月，沙俄军队重占奉天，国内重新掀起拒俄高潮，蔡元培等在沪发起了拒俄同志会，力争领导这一运动。12月，他们发刊了报纸《俄事警闻》，《俄事警闻》代替了已停刊的《国民日报》。1904年2月，日俄战争爆发，蔡元培等又适时地将拒俄同志会改名为争存会，号召反对帝国主义列强的瓜分政策，争取中华民族的生存权利。同时，《俄事警闻》也易名《警钟日报》。5月1日，中国教育会举行第三次大会，蔡元培重新出任会长。7月，蔡元培又任爱国女学校校长。爱国女学校补订章程，标明“以增进女子之智德体力，使有以副其爱国心为宗旨”，增强了政治性。中国教育会和爱国女学校仍被各地革命党人当做秘密联络机关。

不久，光复会成立，会址设上海，推蔡元培为会长。它的入会誓词是：

光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退。

可以看出，这个誓词的核心是“光复”二字。

光复会成立后，围绕发展组织，联络会党，密谋起义，暗杀清贵权四个方面开始展开工作。