1920年，段祺瑞在直皖战争中溃败，“安福系”政府倒台，邵飘萍在大阪获悉，立即辞去朝日新闻社工作。对于聘期未满辞职，他觉得非常过意不去。在辞职信中写道：“此为愚充日本朝日新闻社顾问聘约之后幅留作纪念者。愚于直皖战争归国，京报复活，致未满期而请求解约，往返磋商，始承允诺，为愚生平最抱歉之事。特志之以谢该社焉。”归国后，刚上台的曹锟、吴佩孚，为标榜自己区别段祺瑞政府，就以政府的名义授邵飘萍一枚“二级勋章”。邵飘萍明知这是收买，但还是表面接受。回京不久，9月17日，在邵飘萍等人的努力奔波下，《京报》得以复刊。

10月，邵飘萍在上海《申报》的广告栏上刊登了“北京《京报》恢复出版”的启事。启事称：“本报自前年发刊以来，大受社会欢迎，去秋被安福派之朱深等强迫封禁，停版至今，对于爱读本报诸君深为歉仄。兹以政局更新，本报亦根本改组，除关于政治、外交问题仍持公平严正之态度外，特与教育、实业各界著名学者联合，（1）主张教育民办；（2）批评世界思潮；（3）研究改良社会；（4）注意海外华工。准于阳历九月十五日发行：（甲）每日两张，外埠报价每月连邮费大洋一元，空函不复；（乙）去年定阅者仍照旧寄，希即来示证明，或费已完者，请续汇，以免中止；（丙）各处继续代派或新愿代派及担任分馆者，希即来示接洽：（丁）送登广告，七日送阅三日，希望者请来示接洽，当即照送；（戊）各处同业愿交换音，请先寄大报一份，借作楷模；（己）来示概寄北京前门外三眼井三十七号本馆收。北京京报馆启。”

《京报》每日版面只有两张，稿源较多，版面紧张，结果导致华北灾情严重等重大题材无法全面报道。为此，邵飘萍决定从11月2日起，增《赈务日报》一张，随《京报》送阅。时隔月余，邵飘萍得到海内外同志的赞助，于12月13日再增附刊《海外新声》周报。《京报》自重新开办后，越办越好，得到了海内外各界的赞许。当时新文化思潮激流澎湃，为适应当时的形势，邵飘萍又创立了《青年之友》，作者以当时学界青年为主。后来，邵飘萍又根据形势的变化对《京报》的版面做了几次变革，不断增加新的版面和栏目，《京报》关心国家命运和人民疾苦，且不断向国民介绍新思想、新潮流，探讨救国救民的方式，在全社会引起了极大关注。

此外，为了读者能在第一时间内读到《京报》，1921年7月1日开始，邵飘萍雇佣了大量脚踏车夫为其送报纸，受到读者广泛好评。为采访方便，邵飘萍先后用洋车、马车作为代步工具，后来又添了一部黑色小轿车，成了中国新闻记者中以自备汽车进行采访的第一人。这样，在一般情况下，他能直进中南海等重要场所，从不受阻，这不但为采访带来了诸多方便，也保证了新闻的时效性。

当时，记者在社会上不受重视，记者本身也自暴自弃，为了提高记者的自信，培养更多的新闻人才。1923年，邵飘萍继续“五四”前在北大设立新闻学研究会的做法，在汪大燮等人创办的平民大学出任主任教员。对平大设新闻系一事，《京报》8月8日写道：“我国新闻事业，日益发达。新闻人才，日见需要。北京平民大学，为供应社会之需要，造就健全之新闻人才起见，特自今年下半年起添设新闻学与社会学两系，为国内各大学所未备之科目。凡有志新闻事业者，当以此为研究之唯一机会。”邵飘萍在平大教授新闻学科，与在北大新闻研究会时一样，强调记者要重视品性修养，突出新闻的真实性。并就其13年记者生涯的丰富实践经验，讲述记者必备的条件。