惨案发生后，《京报》第一时间派记者到现场采访，邵飘萍本人则利用其特殊的身份到政府的上层采访。第二天，《京报》详细报道了惨案的经过。报道持续了一个月。期间，还增发《京报特刊》，全面报道了京、津、沪群众的抗议集会、通电、宣言，《京报》针对政府污蔑群众的爱国运动是“赤党暴动”，段祺瑞政府妄图用“军警”二字代替府院卫队，栽赃、嫁祸于国民军，于3月19日发布一条消息《国务院门前之屠杀》说明了两个事实：一是所谓的“赤党”或“暴徒”袭击卫队，是卫队屠杀赤手空拳的群众；二，枪杀请愿群众的不是国民军军警而是段祺瑞政府的卫队。从惨案发生的第二天起，邵飘萍又发挥他的特长，连续发表了5篇评论。旗帜鲜明地指出，帝国主义露骨干涉中国内政，是急于扼杀革命势力，扶植卖国政府，以便进一步侵略中国。其中，英日意图最为明显。英日帝国“一图南部与长江中部，一图东北与京津。”英国“深恐广东国民政府政策成功，北伐实现，非但香港有消亡之危，长江势力范围亦岌岌可虑，故不惜援助吴佩孚，使吴代守长江之锁匙，北方之事，不得不与日本交换……”

“三一八”惨案后，“北京学生联合会”召开追悼会，追悼死难学生。群众已经聚集，却还没有大会主席，当时正在中法大学读书的中共地下党员陈毅挺身而出，担任大会主席，慷慨陈词，抗议帝国主义对中国学生的无辜屠杀。然而，当陈毅将演完以后，没有人再去发表意见，现场冷场。那时邵飘萍已经是四十多岁的中年人，毅然走上主席台，慷慨陈词，淋漓尽致地揭露了段祺瑞政府卖国求荣的丑恶，告诫青年不要再有幻想，提出“血债必须血还”，面对残酷的革命斗争，光有理想和热情是不够的，要有不达到目的誓不罢休的精神。“三一八”惨案发生以后，段祺瑞政府为了以强硬手段钳制舆论，扑灭全国的革命形势，下发了谋杀的黑名单，李大钊、邵飘萍等共产党人榜上有名，但是，邵飘萍从来没有惧怕，仍然与段祺瑞政府做斗争。